大型营运客车超员61%属于严重超员违法行为，将面临行政处罚与刑事责任双重追责，具体处理方式如下：

一、行政处罚层面

1. 罚款标准
   根据《道路交通安全法》第九十二条，公路客运车辆载客超过额定乘员50%以上未达100%的，处2000元罚款，并由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。

2. 驾驶证处理
   对驾驶人处记12分，并暂扣机动车驾驶证。根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，一个记分周期内累积记分达到12分的，需参加7日道路交通安全法律学习并考试，合格后清分；拒不参加学习或考试的，公告驾驶证停止使用。

3. 企业连带责任
   若超员行为涉及运输企业，公安机关将通报交通运输主管部门，责令企业停业整顿；情节严重的，吊销道路运输经营许可证。

二、刑事责任层面

1. 危险驾驶罪构成要件
   根据《刑法》第一百三十三条之一，从事旅客运输的车辆严重超过额定乘员载客（通常以超员50%以上为认定标准），对驾驶人处拘役1-6个月，并处罚金。

2. 司法实践中的量刑考量
   法院在量刑时会综合超员比例、行驶路段危险性、是否造成事故等因素。例如，超员61%且在高速公路行驶的，可能被认定为“情节恶劣”，从重处罚。

三、实务建议

1. 驾驶人应对
   立即停车消除违法状态（如转运乘客），主动配合调查，避免逃逸或伪造证据，否则可能构成妨害公务罪。

2. 企业合规管理
   运输企业应建立动态监控机制，对超员行为实施“一票否决”制，将驾驶人超员记录与薪酬、晋升挂钩。

3. 乘客维权路径
   乘客可向交通运输部门举报（电话12328），要求企业退还超员部分票款；若因超员导致人身损害，可依据《民法典》第一千二百一十七条主张侵权赔偿。

提示：超员行为不仅危及公共安全，还可能引发连锁法律责任。如需进一步分析具体案件中的证据固定、量刑辩护等问题，可直接向我提问。