核心结论：若原公司跑路且已入职新公司，需重点关注与原公司的劳动关系解除、社保及档案转移、工资及补偿追讨等问题，同时确保新公司入职手续合规。以下是具体处理建议：

1. 确认与原公司的劳动关系状态

• 若未解除劳动关系：原公司“跑路”不等于劳动关系自动终止，需通过书面形式（如邮件、短信）向公司注册地或实际经营地发送《解除劳动合同通知书》，明确因公司未提供劳动条件、未支付工资等原因解除劳动关系，并保留送达证据（如快递单号、签收记录）。
• 若已解除但未办手续：若原公司已停业但未出具离职证明，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，要求公司出具离职证明并办理档案、社保转移手续。

2. 处理社保、公积金及档案转移

• 社保转移：联系原公司社保账户所在地的社保局，确认公司是否欠缴社保。若欠缴，可要求社保局强制划扣公司账户资金补缴；若公司无资金，需先解除劳动关系，再以灵活就业人员身份续缴，或由新公司重新开户缴纳。
• 公积金转移：若原公司未封存公积金账户，可向公积金管理中心申请封存，再由新公司办理转移接续。
• 档案转移：若档案仍在原公司，可向当地人才市场或人社局申请调档函，凭调档函要求原公司（或其上级主管单位）转递档案；若原公司已注销，可联系工商部门查询清算组信息，由清算组处理档案。

3. 追讨工资、经济补偿及未签合同双倍工资

• 工资追讨：向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，要求原公司支付拖欠工资及加班费。需提供劳动合同、工资条、考勤记录等证据。
• 经济补偿：若因公司未提供劳动条件、未缴纳社保等原因解除劳动关系，可主张经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
• 未签合同双倍工资：若入职超过1个月未签劳动合同，可主张自第2个月起的双倍工资差额（最长不超过11个月）。

4. 新公司入职手续合规性

• 避免双重劳动关系：确保已与原公司解除劳动关系，否则新公司可能因“双重劳动关系”面临风险。新公司入职时，需如实填写工作经历，并提交原公司出具的离职证明（若无法提供，可书面说明情况）。
• 社保与公积金衔接：新公司入职后，需及时办理社保、公积金增员手续，避免断缴影响医保、购房等权益。

5. 特殊情况处理

• 原公司已注销：若原公司经工商注销，可向其股东、出资人或清算义务人（如董事、实际控制人）主张权利；若注销时未清算，可申请法院追加被执行人。
• 原公司失联：向法院申请宣告公司破产或强制清算，通过破产程序追讨债权。

提示：处理过程中需保留所有书面证据（如合同、工资条、沟通记录等），并注意仲裁时效（劳动争议申请仲裁的时效期间为1年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算）。如有复杂情况，可直接向我咨询具体操作步骤。