核心结论：针对您描述的“欠条打了50万，实际流水有100万”的情况，需根据借款实际交付金额与欠条金额的差异，结合法律规定和证据情况来处理。以下是具体分析：

1. 借款金额的认定原则
   根据《民法典》及相关司法解释，借款合同的成立以实际交付的金额为准。若欠条载明50万，但银行流水显示实际交付100万，需进一步核查：

   • 是否存在部分款项未交付：例如，双方约定先打50万欠条，后续再补50万，但实际未补足。此时，借款金额应以实际到账的100万为准，但需结合其他证据（如聊天记录、补充协议）证明双方有此约定。
     
   • 是否存在利息或费用预扣：若出借人实际交付100万，但要求借款人出具50万欠条，剩余50万作为利息或手续费直接扣除，这种“砍头息”行为违反法律规定，借款金额仍应按实际交付的100万计算，但利息部分可能被调整。
     
   • 是否存在多笔借款合并：若双方此前有其他借款，本次50万欠条可能是对部分债务的确认，而100万流水包含其他款项。此时需通过转账备注、还款记录等证据区分每笔借款的性质。

2. 证据收集与风险防范

   • 固定转账记录：保存所有银行流水、转账凭证，注明每笔款项的用途（如“借款”“还款”等）。
     
   • 补充书面协议：若实际借款金额与欠条不符，建议双方签订补充协议，明确借款总额、已交付金额及未交付部分的处理方式。
     
   • 留存沟通记录：保存与对方的聊天记录、录音等，证明双方对借款金额的真实意思表示。
     
   • 警惕虚假诉讼风险：若出借人仅以50万欠条起诉，而您能证明实际借款100万且已部分偿还，可能涉及出借人隐瞒真实情况，您可提出反诉或申请法院调查取证。

3. 法律后果与应对建议

   • 若您是借款人：
     
     • 若实际收到100万，但欠条仅50万，需警惕出借人未来以欠条主张50万，而您可能需证明已偿还部分或剩余债务不存在。
       
     • 建议主动与出借人核对账目，签订书面确认文件，避免后续纠纷。
       
   • 若您是出借人：
     
     • 若实际交付100万，但借款人仅出具50万欠条，需补充证据证明剩余50万为借款，否则可能被认定为赠与或其他法律关系。
       
     • 可要求借款人重新出具欠条，或通过其他方式固定借款合意（如微信确认“今日再借50万，总借款100万”）。

行动建议：

• 立即整理所有转账记录、欠条原件及沟通记录；
  
• 根据实际法律关系（如是否为同一笔借款、是否存在利息预扣等），选择与对方协商补充协议或通过法律途径解决；
  
• 如有争议，可携带材料向我进一步咨询，我将结合具体证据为您制定应对方案。