当合同被认定为无效，且其中约定的违约金过高时，我们可以从以下几个方面来处理这一问题，以确保违约金的合理性并维护双方的合法权益：

一、协商调整违约金

适用阶段：这一步骤可以在合同被认定无效后的任何阶段进行，但尽早协商通常更有利于双方关系的修复和问题的快速解决。

操作方式：

• 双方应坐下来，就违约金过高的问题进行坦诚的沟通。
• 尝试达成一致意见，对违约金条款进行修改，将其调整至一个双方都能接受的合理范围。

优势：

• 协商调整具有灵活性和便捷性，成本相对较低。
• 它有助于在不影响双方其他合作关系的前提下解决问题，维护良好的商业氛围。

示例：假设甲乙两公司签订了一份无效合同，其中约定了高额的违约金。在合同被认定无效后，甲公司主动与乙公司沟通，提出违约金过高的问题。经过协商，双方同意将违约金调整至一个更合理的水平。

二、请求法律调整违约金

法律依据：

• 根据《民法典》的相关规定，当约定的违约金过分高于造成的损失时，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

适用情况：

• 当双方无法通过协商达成一致时，可以向人民法院或仲裁机构提出申请，要求调整违约金数额。

申请要点：

• 需要提供充分的证据来证明违约金确实过高，如实际损失的计算依据、类似案例的判决结果等。
• 清晰地阐述自己的主张和理由，以便法院或仲裁机构能够全面理解并作出公正的裁决。

法院或仲裁机构考量因素：

• 在决定是否调整违约金以及调整的幅度时，法院或仲裁机构会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度、预期利益以及实际损失等多种因素。

示例：在某起无效合同纠纷中，原告认为被告约定的违约金过高，超出了其实际损失。原告向法院提供了详细的损失计算依据和类似案例的判决结果。法院经审理后，根据实际情况适当降低了违约金数额。

三、在诉讼或仲裁过程中提出抗辩

适用阶段：

• 这一步骤通常在合同违约行为发生后，且双方已经进入诉讼或仲裁程序时进行。

操作方式：

• 在诉讼或仲裁过程中，违约方可以提出抗辩，主张对过高的违约金进行调整。
• 抗辩时应提供充分的证据和理由来支持自己的主张。

法院或仲裁机构处理：

• 法院或仲裁机构会综合考虑多种因素（如合同的履行情况、当事人的过错程度等）来确定是否调整违约金以及调整的幅度。

示例：在某起房屋租赁合同纠纷中，承租方因经营困难提前解除合同。出租方要求支付高额的违约金。承租方在诉讼中提出抗辩，认为违约金过高。法院经审理后，根据实际情况对违约金进行了适当下调。

总结与建议

在处理合同无效且约定的违约金过高的问题时，当事人应首先尝试通过协商的方式解决。若协商无果，则可以依法向人民法院或仲裁机构提出申请或抗辩，要求调整违约金数额。在提出申请或抗辩时，务必提供充分的证据和理由来支持自己的主张。同时，也应了解并尊重法律的相关规定和程序，以确保自身权益得到有效维护。