发现孩子不是亲生的，已协议赔偿的情况下，抚养权并非必须要变更，但存在变更的可能性且具有法律依据。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据与合理性
法律依据：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第五十六条，若出现其他正当理由，父母一方可以要求变更子女抚养关系。“发现孩子并非亲生”被视为一个重大的正当理由，从根本上改变了抚养关系的基础。因为抚养关系的成立通常基于父母子女之间的血缘关系及法定权利义务，当确认孩子非亲生时，原抚养基础不复存在，从法律公平和权利义务对等角度看，非亲生父母一方无法定抚养义务。
- 例如，在沁阳市人民法院审理的一起抚养纠纷案件中，王某与刘某离婚后，王某发现儿子并非自己亲生，遂诉至法院要求变更抚养权。法院审理认为，王某与儿子无亲生血缘关系，其对儿子无法律上的抚养义务，最终判决儿子由刘某抚养。
合理性：
- 变更抚养权请求基于对孩子成长环境的考量，确保孩子能在更有利于其成长的环境中生活。当抚养关系的基础——血缘关系不存在时，继续维持原抚养关系可能不利于孩子的身心健康及未来发展。
二、变更抚养权的情形与程序
变更情形
- 发现孩子并非亲生，作为重大正当理由要求变更抚养权。此外，还有其他几种情形也可能导致抚养权变更，如与子女共同生活的一方因患严重疾病或因伤残无力继续抚养子女；与子女共同生活的一方不尽抚养义务或有虐待子女行为，或其与子女共同生活对子女身心健康有不利影响；十周岁（现《民法典》规定为八周岁）以上未成年子女愿随另一方生活，且该方有抚养能力。
变更程序
- 协商：双方首先尝试友好协商，达成抚养权变更协议，并可能需要公证以确保法律效力。如果双方都同意变更抚养权，可以协议变更并去公证处公证。
- 诉讼：协商不成时，向人民法院提起诉讼，提交相关证据材料（如身份证、户口簿、离婚证、亲子鉴定报告等），证明符合变更条件。法院将综合考虑双方情况，以最有利于未成年子女的原则做出判决。
三、特殊情况说明
- 合法收养：若孩子通过合法收养成为家庭一员，则养父母与养子女间的权利义务关系适用《中华人民共和国民法典》关于父母子女关系的规定，养父母自然拥有抚养权。此时，即使发现孩子非亲生，但因收养关系的存在，抚养权并不必然变更。
- 实际抚养关系：对于非亲生但已实际履行抚养义务并形成稳定抚养关系的情况（如继子女等），法律予以保护。若当事人愿意继续抚养且有利于孩子健康成长，可拥有抚养权。例如，继父母与继子女之间形成了实际的抚养关系，继父母对继子女进行了长期的抚养和教育，此时继父母可能继续拥有抚养权。
四、建议与总结
- 建议：在实际操作中，应首先尝试协商解决抚养权变更问题。如果协商不成，再考虑通过诉讼途径寻求法律支持。在整个过程中，应始终以保障孩子的最佳利益为首要原则，确保孩子能在更健康、更有利的环境中成长。
- 总结：发现孩子不是亲生的，虽然已协议赔偿，但抚养权并非必须要变更。然而，从法律公平和孩子成长的角度出发，存在变更抚养权的可能性和法律依据。具体是否变更，需要根据双方协商情况、孩子成长环境以及法律规定等多方面因素进行综合考虑。
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