合作关系可以签订竞业协议。在商业合作中，为了保护合作方的商业秘密和竞争优势，双方可以在合作协议中约定竞业限制条款。以下是对这一问题的详细分析：

一、竞业协议的法律基础

竞业限制，具体是指用人单位或者合作方，在特定的一段时间内，对劳动者或者合作方从事与本单位或者合作业务存在竞争关系的工作加以限制。这种限制通常是为了保护商业秘密和竞争优势，防止合作方在合作结束后利用这些资源与原合作方进行不正当竞争。

二、签订竞业协议的注意事项

1. 明确界定范围、地域和期限：

   • 竞业限制的范围应明确界定，包括哪些行业、哪些区域属于竞业限制的范畴。
   • 期限应具体明确，且不得超过法律规定的二年期限。

2. 给予合理经济补偿：

   • 因为竞业限制在一定程度上限制了合作方的职业发展，所以合作方应给予合理的经济补偿。
   • 补偿标准应明确，并在协议中约定支付方式和时间。

3. 合法有效：

   • 竞业协议必须合法有效，不得违反法律法规的强制性规定。
   • 若协议合法有效，一方违反协议约定，另一方有权要求其承担违约责任，包括停止违约行为、赔偿损失等。

三、竞业协议在合作关系中的应用

在合作关系中，签订竞业协议可以保护合作方的商业秘密和竞争优势。例如，在合作期间共同研发的独特技术、掌握的客户资源等都属于商业秘密范畴。通过竞业限制，可以防止合作方在合作结束后利用这些资源与原合作方进行不正当竞争，从而损害原合作方的利益。

四、法律后果

• 如果竞业协议合法有效，且一方违反了协议约定，那么另一方有权要求其承担违约责任。
• 违约责任的具体形式包括停止正在进行的违约行为、对造成的损失进行赔偿等。

建议：在签订竞业协议时，务必确保协议内容合法、明确、具体，并充分考虑双方的利益和需求。同时，建议在签订前咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。