合作协议下的竞业协议在符合相关法律规定时是有效的。具体分析如下：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》，合同遵循意思自治原则，只要合作双方具备相应的民事行为能力，意思表示真实，且约定的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么包含竞业限制条款的合作协议即为有效。
有效性条件：
- 合理补偿：接受竞业限制的一方因限制行为可能会遭受利益损失，因此协议中应明确约定合理的经济补偿方式、标准和支付期限，以确保接受限制方的权益得到保障。这是竞业协议有效性的关键要素之一。
- 限制期限：竞业限制期限应合理设定，参照《中华人民共和国劳动合同法》的规定，一般不超过二年。过长的限制期限可能会被认定为不合理，从而影响协议的有效性。
- 范围合理：竞业限制的范围、地域等应当明确且合理，与合作所涉及的商业领域、业务范围紧密相关，不能无限扩大限制范围。
- 不违反法律与公序良俗：竞业协议的内容必须遵守相关法律法规的规定，不能违反法律强制性规定或公序良俗，否则将被认定为无效。
实际应用：
- 在合作协议中约定竞业限制时，应确保条款内容明确、具体，便于执行和监督。例如，明确限制的业务领域、地域范围、期限以及经济补偿等关键要素。
- 如遇复杂情况或不确定条款的合法性，建议咨询专业律师的意见，以确保条款的合法性、有效性和合理性。
综上所述，合作协议下的竞业协议在符合相关法律规定时是有效的。双方在签订时应确保条款内容合理、明确，并严格遵守相关法律法规，以确保协议的合法性和有效性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。