在有转账记录但对方不承认的情况下，能否调取被告的银行流水，需视具体情况和法律程序而定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律程序与证据规则
诉讼中的证据调取：
- 在民事诉讼中，证据的调取通常遵循“谁主张，谁举证”的原则。即，原告需要提供足够的证据来支持其主张。转账记录作为原告一方提供的证据，若被告不承认，原告可能需要进一步提供证据来佐证转账的真实性和目的。
- 法院在审理案件时，会根据双方提供的证据进行综合判断。若原告仅提供转账记录，而被告否认该转账与案件有关，法院可能会要求原告提供更多证据，或者根据案件需要，依职权调取相关证据，包括被告的银行流水。但这一过程并非原告单方面所能决定，而是需要法院根据案件具体情况和法律规定来决定。
申请法院调取证据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。这包括但不限于银行流水等财务记录。
- 因此，若原告认为被告的银行流水对于证明案件事实至关重要，且自己无法自行获取，可以向法院提出申请，请求法院调取相关证据。法院在审查申请后，若认为有必要，会依法调取。
二、实际操作与注意事项
提供初步证据：
- 在申请法院调取被告银行流水前，原告应尽可能提供其他相关证据，如合同、聊天记录、证人证言等，以形成完整的证据链，证明转账的真实性和目的。
明确申请内容：
- 原告在向法院提出调取证据的申请时，应明确申请调取的具体内容，如被告的银行账户信息、特定时间段的流水记录等，以便法院能够准确、高效地调取证据。
遵守法律程序：
- 原告在申请调取证据时，应遵守法律程序，不得通过非法手段获取证据。否则，即使获取了证据，也可能因证据来源不合法而被法院排除。
三、可能的法律后果
证据被采纳：
- 若法院依法调取了被告的银行流水，并认定该流水与案件有关，那么该流水将作为证据被采纳，用于证明案件事实。
证据被排除：
- 若法院认为原告申请调取的证据与案件无关，或者证据来源不合法，那么该证据将被排除，不得作为认定案件事实的依据。
建议：
- 若您遇到此类情况，建议首先收集并整理所有相关证据，包括转账记录、合同、聊天记录等。
- 然后，向法院提起诉讼，并在诉讼过程中根据需要向法院提出调取被告银行流水的申请。
- 在整个过程中，务必遵守法律程序，确保所有证据的合法性和有效性。
最后，如果您在处理此类纠纷时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。