政府部门子女开办物业公司的合法性，需从多个法律维度进行综合分析，核心结论如下：

1. 主体资格合法性
   根据《公司法》及《市场主体登记管理条例》，自然人（包括政府部门工作人员的子女）作为完全民事行为能力人，有权依法设立物业公司。法律未对股东或高管的家庭背景作出限制性规定，因此从主体资格角度，政府部门子女开办物业公司本身合法。
   但需注意：若子女利用父母职务便利获取不正当利益（如违规承接政府项目），则可能涉嫌《刑法》中的受贿罪或利用影响力受贿罪，此时行为性质发生转变。

2. 利益冲突与回避义务
   若政府部门子女开办的物业公司参与其父母所在部门管辖的物业项目，可能触发《公务员法》第七十四条规定的回避义务。该条款要求公务员不得在其配偶、子女及其配偶经营的企业中从事可能影响公正执行公务的活动。
   具体风险点：

   • 若父母直接参与项目审批、监管或决策，子女企业中标可能被认定为“利益输送”；
     
   • 即使父母未直接参与，若企业通过不正当手段获取项目（如围标、串标），仍可能涉及行政违法或刑事犯罪。

3. 合规经营要求
   物业公司需遵守《物业管理条例》等法规，包括：

   • 取得物业服务企业资质（现改为备案制，但仍需符合条件）；
     
   • 公开服务标准、收费项目及标准；
     
   • 不得通过暴力、威胁等手段催缴费用。
     若子女企业存在违规经营行为（如挪用专项维修资金、擅自改变物业用途），将面临行政处罚或民事赔偿，与股东身份无关。

4. 特殊情形下的合法性边界

   • 政府特许经营项目：若项目涉及供水、供电等专营服务，需符合《基础设施和公用事业特许经营管理办法》规定的招标程序。子女企业若通过公开竞争中标，合法；若未招标或暗箱操作，则违法。
     
   • 在职公务员兼职限制：根据《公务员法》第五十九条，公务员不得违反规定从事营利性活动。若子女开办企业时父母仍在职，需确保父母未参与企业经营管理或利用职务影响。

法律建议：

1. 子女开办物业公司前，应主动向父母所在单位申报关联关系，避免利益冲突；
   
2. 企业参与政府项目时，严格履行招标程序，保留完整投标文件及评标记录；
   
3. 父母作为公职人员，需定期向组织报告家庭成员经商办企业情况，履行回避义务。
   

若涉及具体案件（如项目争议、行政处罚），需进一步核查企业设立程序、资金来源及项目运作细节，建议提供更多信息后深入分析。