底层为商铺、上层为住宅的房屋开棋牌室是否合法，需分情况讨论：

1. 若棋牌室开设在住宅部分，且未经有利害关系业主一致同意，则不合法。

   • 根据《民法典》第二百七十九条的规定：“业主不得违反法律、法规以及管理规约，将住宅改变为经营性用房。业主将住宅改变为经营性用房的，除遵守法律、法规以及管理规约外，应当经有利害关系的业主一致同意。” 这意味着，如果要将住宅改为经营性用房（如棋牌室），必须得到所有有利害关系的业主的同意。若未经同意，则属于违法行为，侵害了相邻业主的合法权利。
   • 在此情况下，相关职能部门有权责令经营者立即停止其违法行为，停止经营活动，并排除妨碍，停止对相邻业主的侵害。

2. 若棋牌室开设在商铺部分，且符合相关法律法规和规划要求，则可能是合法的。

   • 商铺作为商业用房，其用途通常包括经营各类商业活动，包括开设棋牌室等娱乐场所。但前提是必须遵守相关的法律法规，如取得必要的营业执照、消防安全合格证等，并确保经营活动不会对周边环境和居民造成不良影响。
   • 如果棋牌室在商铺部分的开设符合所有法律要求，并且没有违反任何规划或管理规定，那么它的开设就是合法的。

额外建议：

• 在开设棋牌室之前，务必详细了解并遵守当地的法律法规和规划要求。
• 如果计划在住宅部分开设棋牌室，必须事先获得所有有利害关系的业主的同意，并办理好相关的变更手续和营业执照。
• 考虑到棋牌室可能带来的噪音、人流等问题，建议与周边居民进行充分沟通，确保经营活动不会对他们的生活造成不良影响。

可能面临的法律后果：

• 如果未经有利害关系业主一致同意就在住宅部分开设棋牌室，可能面临相关职能部门的处罚，包括责令停止经营活动、罚款等。
• 如果棋牌室的经营活动违反了其他法律法规（如消防安全规定、卫生规定等），也可能面临相应的法律责任。

综上所述，底层为商铺、上层为住宅的房屋开棋牌室是否合法，取决于棋牌室的具体开设位置和是否遵守了相关的法律法规和规划要求。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。