核心结论：在房产登记在申请执行人名下，但法院判决给被执行人的情况下，执行时应首先确认判决的生效与明确性，随后依据判决内容启动执行程序，可能涉及房产过户手续的办理及执行异议的处理。

具体分析：

1. 确认判决生效与明确性：

   • 首要步骤是确认法院的判决是否已经生效，即是否过了上诉期且没有上诉，或者二审已经终审。
   • 确认判决内容是否明确，即是否清晰指明了房产的归属、过户方式、时间限制等关键信息。

2. 依据判决启动执行程序：

   • 一旦判决生效且内容明确，申请执行人（此时虽为名义上的房产所有者，但根据判决已非实际所有者）应配合法院执行工作，或由法院直接依据判决强制执行。
   • 执行过程中，法院会发出执行通知书，要求被执行人（根据判决现为房产实际所有者）或相关登记机构协助办理房产过户手续。

3. 办理房产过户手续：

   • 根据判决内容，房产应从申请执行人名下过户至被执行人名下。
   • 这一过程中，可能需要提交法院判决书、执行通知书、房产证等相关文件至不动产登记机构。
   • 不动产登记机构在审核无误后，会办理房产过户手续，将房产登记在被执行人名下。

4. 处理执行异议：

   • 如果在执行过程中，申请执行人或其他利害关系人提出执行异议，认为判决有误或执行程序不当，法院将进行审查。
   • 审查过程中，法院可能要求提供证据、进行听证等，以确定执行异议是否成立。
   • 如果执行异议成立，法院可能会中止执行或采取其他相应措施；如果执行异议不成立，法院将继续执行程序。

特别提示：在整个执行过程中，各方应严格遵守法院的判决和执行程序，不得有阻碍执行、转移财产等违法行为。如有任何疑问或争议，应及时向法院提出，并通过合法途径解决。

后续建议：若您在此过程中遇到任何具体问题或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。