员工借用公司车辆肇事，赔偿责任的承担需根据具体情况来确定，一般分为以下几种情况：
员工责任为主：
- 如果员工在借用公司车辆期间，因个人原因（如违规驾驶、酒驾、疲劳驾驶等）导致交通事故，且该行为被认定为员工的个人过错，那么员工通常需要承担主要的赔偿责任。
- 在这种情况下，公司作为车辆的所有者或管理者，如果能够证明自己在车辆管理、员工培训等方面没有过错，一般不承担赔偿责任。但公司可能需要承担一定的连带责任，尤其是在车辆保险覆盖范围内，保险公司会先行赔付，之后保险公司可能会向员工追偿。
公司责任为主：
- 如果公司明知员工没有驾驶资格或存在其他不适合驾驶的情形，仍然将车辆借给员工使用，导致交通事故的发生，那么公司可能需要承担主要的赔偿责任。
- 此外，如果公司车辆存在安全隐患，如制动系统故障、轮胎磨损严重等，且公司未及时进行维修或更换，导致交通事故，公司也可能需要承担相应的赔偿责任。
双方共同责任：
- 在某些情况下，员工和公司可能都需要承担一定的责任。例如，员工在驾驶过程中存在轻微违规行为，但公司车辆也存在一定的安全隐患，两者共同作用导致了交通事故的发生。
- 在这种情况下，赔偿责任可能会根据双方过错的大小进行比例分配。
法律建议：
- 对于员工而言，在借用公司车辆时，应严格遵守交通规则，确保安全驾驶。如果发生交通事故，应及时报警并通知公司，以便公司协助处理后续事宜。
- 对于公司而言，应加强对车辆的管理和维护，确保车辆处于良好的运行状态。同时，在借出车辆前，应对员工的驾驶资格和驾驶能力进行审查，避免将车辆借给不适合驾驶的人员。
- 在发生交通事故后，双方应积极配合调查和处理工作，根据事故责任认定书的结果来承担相应的赔偿责任。
可能的法律后果：
- 如果员工或公司未能承担应有的赔偿责任，受害方可能会通过法律途径来维护自己的权益，包括提起民事诉讼要求赔偿损失。
- 在某些情况下，如果员工的违规行为构成犯罪（如交通肇事罪），还可能会面临刑事责任的追究。
总结：员工借用公司车辆肇事，赔偿责任的承担需根据具体情况来确定。在处理此类纠纷时，建议双方积极沟通、协商解决，并咨询专业律师的意见以确保自身权益得到保障。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。