结论：楼上持有营业执照进行经营是否违法，不能一概而论，需结合房屋性质、经营内容及是否获得相关许可等因素综合判断。
一、房屋性质与经营用途的合规性
住宅用途限制：
- 若楼上房屋为住宅性质，根据《民法典》及相关地方性法规（如《上海市住宅物业管理规定》），业主或使用人需按规划用途使用物业，不得擅自改变为经营性用途。例如，将住宅改为美甲店、摄影工作室等商业场所，即使持有营业执照，也可能因“居改非”行为违法。
- 法律后果：行政管理部门可责令限期改正、恢复原状，并处以罚款（如上海规定罚款1万至5万元）。
商住两用或商业用途：
- 若房屋规划用途为商住两用或商业，且经营内容符合规划要求（如无噪音、污染等），则持有营业执照经营通常合法。
二、经营内容与许可要求
需特殊许可的经营：
- 即使房屋性质允许经营，若从事餐饮、教育培训、医疗美容等需行政许可的行业，必须取得相关许可证（如食品经营许可证、办学许可证）。未取得许可即经营，可能构成无证经营，面临罚款、停业整顿等处罚。
一般经营项目：
- 若经营内容为一般项目（如咨询、设计等），无需特殊许可，持有营业执照即可合法经营。
三、实际案例与执法实践
- 案例参考：某小区住宅内开设三家店铺（美甲、美妆、摄影），虽持有营业执照，但因“居改非”被责令停业并罚款。执法部门通过房产证、广告截图等证据，认定其经营行为违法。
- 执法重点：行政管理部门会综合房屋性质、经营内容、是否扰民等因素判断合法性，而非仅凭营业执照。
四、法律建议
核查房屋性质：
- 查看房产证或不动产权属证书，确认房屋规划用途。若为住宅，需谨慎评估经营可行性。
办理必要许可：
- 根据经营内容，向市场监管、卫生、教育等部门申请许可证。例如，开设餐饮店需办理食品经营许可证。
遵守社区规定：
- 即使合法经营，也需避免噪音、污染等扰民行为，否则可能面临投诉或行政处罚。
咨询专业意见：
- 若对房屋性质或经营合规性存疑，建议咨询律师或当地行政管理部门，避免法律风险。
总结：楼上持有营业执照经营是否违法，需结合房屋性质、经营内容及许可情况综合判断。若房屋为住宅且未获许可改变用途，或经营需特殊许可的项目但未取得，则可能违法。建议提前核查合规性，确保经营合法。如有疑问，可直接向我咨询。