违法运营车的监管主要由交通运输行业主管部门负责，同时工商行政管理部门以及综合管理部门也拥有行政处罚权力。以下是对此问题的详细分析：
交通运输行业主管部门的监管职责
法律依据：根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上地方人民政府交通运输主管部门责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
具体管理：交通运输部门的运管机构具体负责管理班线车辆和旅游车辆，这些管理依据是国务院的授权。对于出租车的管理，一般也属于交通部门委托运管机构进行管理。
工商行政管理部门与综合管理部门的角色
除了交通运输行业主管部门外，工商行政管理部门以及综合管理部门也拥有对违法运营车的行政处罚权力。这意味着，如果违法运营行为同时违反了工商行政管理或综合管理的相关规定，这些部门也有权进行处罚。
实际监管中的多部门协作
在实际监管过程中，交通运输行业主管部门、工商行政管理部门以及综合管理部门可能会根据具体情况进行协作。例如，当发现一辆违法运营车时，交通运输部门可能会首先进行查处，但如果该车还存在其他违法行为（如无照经营），工商行政管理部门也可能会介入。
对违法运营者的建议
对于违法运营者来说，了解并遵守相关法律法规是至关重要的。违法运营不仅可能面临严厉的行政处罚，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。因此，建议运营者在进行运营活动前，务必取得相关的经营许可，并遵守所有适用的法律法规。
如果您有关于违法运营车或其他交通运输领域的法律问题，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。