营运车肇事车辆扣留时间通常根据不同情况而定，具体如下：
事故简单，走简易程序的情况：
- 扣车时间不超过15日。公安机关交通管理部门应当自现场调查之日起十日内制作道路交通事故认定书，从拿到事故责任认定书起五日内，交警会通知当事人领取车辆。出具事故责任认定书后，通常为两个工作日确认，三个工作日内通知取车。
需要进行检验、鉴定，且未超过三十日的情况：
- 扣车时间不超过35日。公安机关交通管理部门应当与鉴定机构确定检验、鉴定完成的期限，确定的期限不得超过三十日。自检验报告、鉴定意见确定之日起五日内，公安机关交通管理部门应当通知当事人领取扣留的事故车辆。
需要进行检验、鉴定，且超过三十日的情况：
- 扣车时间最长不超过65日。对需要进行检验、鉴定的，超过三十日的，应当报经上一级公安机关交通管理部门批准，自检验报告、鉴定意见确定之日起五日内，公安机关交通管理部门应当通知当事人领取扣留的事故车辆。
需要重新检验、鉴定的情况：
- 扣车的时限将会延长一倍时间。如果一方当事人收到公安机关的检验、鉴定结论后提出书面异议并申请重新检验、鉴定，且申请被批准，那么重新检验、鉴定的时限与检验、鉴定的时限相同，扣车的时限也将会相应延长一倍时间。但需要注意的是，申请重新检验、鉴定、评估以一次为限。
在处理营运车肇事车辆扣留问题时，还需要注意以下几点：
- 诉前财产保全：如果受害方向法院申请诉前财产保全，可由法院对车辆进行查封或扣押。这时，如果车主提供担保，也可以将车辆开走，以免产生营运损失。
- 交警扣车权利：现行法律并没有赋予交警随意扣车的权利。只有在需要对事故车辆进行检验、鉴定等取证工作时，才可以暂扣车辆，而不能以司机可能逃跑等理由扣留机动车。
- 扣留车辆保管：因收集证据的需要，公安机关交通管理部门可以扣留事故车辆，并开具行政强制措施凭证。扣留的车辆应当妥善保管。
- 不得扣留货物：公安机关交通管理部门不得扣留事故车辆所载货物。对所载货物在核实重量、体积及货物损失后，应通知机动车驾驶人或者货物所有人自行处理。
- 扣留车辆费用：因扣留车辆发生的费用由作出决定的公安机关交通管理部门承担。但公安机关交通管理部门通知当事人领取，当事人逾期未领取产生的停车费用由当事人自行承担。
- 超过法定扣车期限的处理：如果交警超过上述期限扣车，即为违法扣留。此时，可以书面函告要求公安机关予以放行，若不成的，则向上一级公安机关书面投诉，或者提起行政诉讼。如果被扣车辆有损坏的，可要求国家赔偿。
针对营运车辆，由于其特殊性，扣车时间可能会对运营造成较大影响。因此，在处理此类事故时，建议车主或运营方及时与交警部门沟通，了解扣车原因及预计扣车时间，以便做好相应的运营安排。同时，也可以咨询专业律师，了解自身权益及可能的法律救济途径。
希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他关于交通事故或营运车辆管理方面的法律问题，欢迎随时向我咨询。