厂里法定节假日休息按周末扣工资的做法是违法的。以下从不同角度为您详细分析：
法定节假日与周末休息的性质
法定节假日是国家规定的用于纪念、庆祝或进行特定活动的日子，如春节、国庆节等。这些日子员工享有休息的权利，且用人单位应当依法支付工资。而周末休息日则是每周的常规休息时间，通常每周两天。法定节假日与周末休息在性质上是不同的，法定节假日具有更强的法定性和特殊性。
工资支付规定
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工在法定节假日休息的，用人单位应当按照劳动合同规定的标准支付工资。这意味着，即使员工在法定节假日没有实际工作，用人单位也不能因此扣除其工资。同样地，周末休息日虽然员工不工作，但除非有特别约定或法律规定，否则用人单位也不应扣除周末休息日的工资。将法定节假日休息按周末扣工资的做法，显然违反了这一规定。
违法后果及维权途径
如果用人单位违反规定，将法定节假日休息按周末扣工资，员工可以采取以下措施维护自己的合法权益：
与用人单位协商：首先，员工可以尝试与用人单位进行沟通协商，明确指出其做法的违法性，并要求用人单位纠正错误，补发被扣除的工资。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查处理，并要求用人单位改正错误，支付应得的工资。
申请劳动仲裁：员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是一种法律程序，通过仲裁裁决来解决劳动争议。如果仲裁裁决支持员工的诉求，用人单位必须履行裁决结果。
实际案例与法律解释
在实际操作中，已经有多起类似案例表明，将法定节假日休息按周末扣工资的做法是违法的。例如，某员工在国庆节期间休息，但用人单位以其休息日与周末重叠为由扣除了其工资。该员工随后向劳动监察部门投诉，并最终获得了应得的工资补偿。这一案例充分说明了用人单位在处理法定节假日休息与工资支付问题时，必须严格遵守法律规定。
建议：作为员工，在遇到类似问题时，应首先了解自己的权益和法律规定，然后与用人单位进行沟通协商。如果协商无果，应及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。