针对您提出的“申请自行停业批准后又经营怎么处理”的问题，这通常涉及到企业或个体工商户在获得停业批准后，未经许可或未按规定程序重新开展经营活动的情况。以下是我为您提供的详细解答：

一、法律后果

1. 行政处罚：根据《中华人民共和国公司法》及相关市场监管法规，若企业或个体工商户在获得停业批准后擅自恢复经营，且未按照规定程序重新申请开业或未获得相关部门的许可，市场监管部门有权对其进行行政处罚。处罚措施可能包括警告、罚款、吊销营业执照等，具体处罚种类和幅度会根据违法行为的性质、情节以及造成的后果等因素综合确定。例如，若构成开业后自行停业连续6个月以上又擅自经营的行为，可能会面临吊销营业执照的严厉处罚。

2. 信用记录受损：擅自恢复经营还可能对企业的信用记录造成负面影响。在信用体系日益完善的今天，企业的信用状况对其融资、合作、招投标等方面都具有重要影响。一旦被列入失信名单，企业将面临诸多限制和不便。

二、处理建议

1. 立即停止擅自经营行为：若您或您的企业已经存在擅自恢复经营的情况，应立即停止该行为，以避免进一步的法律后果。

2. 主动向市场监管部门报告：在停止擅自经营行为后，应主动向当地市场监管部门报告情况，说明擅自经营的原因、时间、范围等，并表达改正的意愿。市场监管部门会根据您的具体情况给出相应的指导和建议。

3. 按照规定程序重新申请开业：若您希望继续经营，应按照相关规定和程序重新申请开业。这可能包括提交开业申请、提供必要的证明材料、接受市场监管部门的现场核查等。只有获得相关部门的许可后，您才能合法地开展经营活动。

4. 加强内部管理：为了避免类似情况再次发生，您应加强企业内部管理，确保所有经营活动都符合法律法规的要求。这包括建立健全的规章制度、加强员工培训、定期进行自查自纠等。

三、注意事项

• 在处理此类问题时，务必保持与市场监管部门的良好沟通，及时了解相关政策和要求。
• 遵守法律法规是企业或个体工商户的基本义务，任何擅自经营的行为都可能带来严重的法律后果。
• 若对市场监管部门的处罚决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。

综上所述，申请自行停业批准后又擅自经营的行为是违法的，可能会面临行政处罚和信用记录受损等后果。因此，建议您立即停止擅自经营行为，主动向市场监管部门报告情况，并按照规定程序重新申请开业。同时，加强内部管理，确保所有经营活动都符合法律法规的要求。