关于运输费开在司机卡里的责任与义务，核心结论在于：这主要涉及税务合规、合同履行及法律责任三方面，具体责任与义务需根据实际情况判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、税务合规角度
税务申报与缴纳：
- 若运输费实际支付给司机，但开具发票时以司机名义开具，需确保司机作为纳税人，按照税法规定申报并缴纳相关税费。若司机未履行纳税义务，可能面临税务处罚，而运输公司作为费用支付方，若被认定为实际受益人，也可能承担连带责任。
- 运输公司应确保与司机之间的费用结算方式符合税法规定，避免通过不正当手段规避税收。
发票管理：
- 运输公司应妥善保管与司机之间的费用结算凭证，包括发票、收据等，以备税务机关查验。
- 若发票开具存在违规行为，如虚开发票、伪造发票等，运输公司及司机均可能面临法律责任。
二、合同履行角度
合同条款明确：
- 运输公司应与司机签订明确的运输合同，合同中应详细规定费用结算方式、发票开具要求等条款。
- 若合同中未明确规定运输费开具发票的相关事宜，可能导致双方在费用结算时产生争议。
合同履行义务：
- 运输公司应按照合同约定支付运输费，并要求司机提供符合规定的发票。
- 司机应按照合同约定提供运输服务，并确保所开具的发票真实、合法、有效。
三、法律责任角度
民事责任：
- 若因运输费开具发票问题导致双方产生民事纠纷，如运输公司拒付费用或司机拒开发票等，双方可能需承担违约责任，赔偿对方因此遭受的损失。
行政责任：
- 若运输公司或司机在运输费开具发票过程中存在违规行为，如偷税漏税、虚开发票等，可能面临税务机关的行政处罚，包括罚款、没收违法所得等。
刑事责任：
- 在极端情况下，若运输公司或司机通过不正当手段开具发票，且情节严重，可能构成犯罪，如虚开发票罪、逃税罪等，将面临刑事处罚。
法律建议
- 完善合同条款：运输公司应与司机签订详细的运输合同，明确费用结算方式、发票开具要求等条款，以避免后续争议。
- 加强税务合规：运输公司应确保与司机之间的费用结算方式符合税法规定，避免通过不正当手段规避税收。
- 妥善保管凭证：运输公司应妥善保管与司机之间的费用结算凭证，以备税务机关查验。
- 及时咨询专业律师：若在运输费开具发票过程中遇到法律问题或争议，应及时咨询专业律师，以维护自身合法权益。
若您在运输费开具发票方面遇到任何法律问题或争议，请直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议。