已经以物抵债的协议，在一般情况下不能直接对抗工程款债权。以下从不同角度为您详细分析：

一、以物抵债协议的性质与对抗效力

以物抵债，本质上是债务的一种清偿方式。当债务人对外存在多笔债权时，以物抵债协议可能只是为债权人增加了一种履约方式，但并未直接提升债权人保护的力度。特别是在执行程序中，以物抵债协议中的债权人并不享有物权期待权，因此不能简单地基于以物抵债协议来对抗其他债权人的执行，包括工程款债权。

二、执行异议复议规定的相关限制

根据《执行异议和复议规定》的相关条款，如第28条、第29条，虽然规定了无过错买受人、消费者购房人在一定条件下可以对抗金钱之债的执行，但这些规定并不直接适用于以物抵债协议中的债权人。最高院在相关司法解释的理解和适用中也明确指出，鉴于实践中以物抵债问题的复杂性，尤其是案外人与被执行人恶意串通倒签抵债时间以排除债权人执行的问题比较突出，因此对以物抵债协议中的债权人能否对抗其他债权人的执行采取了较为谨慎的态度。

三、提升以物抵债协议对抗效力的路径

尽管以物抵债协议在一般情况下不能直接对抗工程款债权，但债权人仍可以通过一些法律手段来提升其对抗效力：

1. 人民法院以物抵债的裁定：

   • 根据《民诉法》司法解释的相关规定，人民法院作出的以物抵债裁定可以直接导致物权变动。但这一路径需要满足严格的条件，如经申请执行人和被执行人同意，且不损害其他债权人合法权益和社会公共利益。

2. 物权登记或者预告登记：

   • 如果以物抵债协议进行了物权登记，则债权人自然可以取得物权，从而对抗其他债权人的执行。
   • 对于预售的房屋，因无法办理变更登记，债权人可以采取预告登记的方式来保障其将来实现物权。

四、特殊情况下的对抗效力

在某些特殊情况下，以物抵债协议可能具有一定的对抗效力。例如，如果以物抵债的“物”被办理了所有权预告登记，且该预告登记在工程款债权之前，那么根据相关法律规定，该预告登记可以对抗建设工程价款优先受偿权。但这种情况较为特殊，且需要满足严格的法律条件。

五、风险提示与建议

• 风险提示：以物抵债协议在执行过程中可能面临诸多风险，如被认定为恶意串通、无法对抗其他债权人的执行等。因此，债权人在签订以物抵债协议时应谨慎考虑，并充分了解相关法律风险。
• 建议：为了提升以物抵债协议的对抗效力，债权人可以在签订协议时明确约定相关条款，如物权登记、预告登记等。同时，在协议履行过程中，债权人应密切关注债务人的财产状况和执行情况，及时采取法律手段来维护自己的合法权益。

总结来看，已经以物抵债的协议在一般情况下不能直接对抗工程款债权。但债权人可以通过一些法律手段来提升其对抗效力。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。