法院可能按照包薪制判决，即便单位否定，主要基于以下几点法律逻辑和事实认定：
证据优势原则：
- 在劳动争议案件中，法院的判决主要依据双方提供的证据。如果员工能够提供充分证据（如工资条、劳动合同中的隐含条款、工作记录、同事证言等）证明其工资构成实际上符合包薪制的特点（即固定工资包含加班费、奖金等所有报酬），而单位无法提供相反证据或证据不足以反驳，法院可能会依据证据优势原则，认定存在包薪制。
实际履行情况：
- 法院在审理案件时，会关注双方的实际履行情况。如果员工长期按照包薪制的方式领取工资，且单位未提出异议，这种实际履行情况可能成为法院认定包薪制存在的重要依据。因为实际履行情况反映了双方的真实意思表示和交易习惯。
合同解释原则：
- 如果劳动合同中的条款存在模糊或歧义，法院可能会根据合同解释的原则，结合双方的实际履行情况、行业惯例等因素，对合同条款进行合理解释。在这种情况下，如果解释结果倾向于认定存在包薪制，法院可能会据此作出判决。
公平原则：
- 法院在审理劳动争议案件时，还会考虑公平原则。如果单位试图通过否定包薪制来逃避支付加班费、奖金等法定义务，而员工能够证明其实际工作量和工作强度远超过正常工作时间，法院可能会从公平角度出发，认定存在包薪制，以保护员工的合法权益。
针对您的情况，以下是一些建议：
收集证据：如果您认为自己的工资构成符合包薪制，应尽快收集相关证据，如工资条、劳动合同、工作记录、同事证言等，以证明您的主张。
咨询专业律师：劳动争议案件涉及复杂的法律问题和证据认定，建议您咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
关注法院判决理由：如果法院最终按照包薪制作出了判决，您应仔细阅读判决书，了解法院的判决理由和依据，以便在后续行动中有所参考。
若单位的行为确实违反了法律规定或合同约定，您还有权要求单位承担相应的法律责任，如支付拖欠的工资、加班费、经济补偿金等。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。