房屋旧改协议两年后并不必然失效，其效力主要取决于协议中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

协议约定角度

1. 协议中有明确期限：

   • 如果房屋旧改协议中明确规定了协议的有效期，比如“本协议自签订之日起两年内有效”，那么在该期限届满后，协议将按照约定失效。但值得注意的是，即使协议失效，也不意味着协议中所有条款都失去法律效力，特别是那些涉及争议解决、保密义务等后续事项的条款，可能仍然有效。

2. 协议中无明确期限：

   • 如果协议中没有明确规定有效期，那么协议的效力将取决于双方是否继续履行协议以及是否存在法定或约定的解除事由。在这种情况下，协议不会因为时间的推移而自动失效。双方应继续按照协议约定履行各自的义务，除非出现法定或约定的解除情况。

法律法规角度

1. 法律法规的强制性规定：

   • 房屋旧改协议必须遵守国家相关的法律法规，如《民法典》中关于合同效力的规定。如果协议内容违反了法律法规的强制性规定，那么该协议将被视为无效，无论其签订了多长时间。

2. 法律法规的变动：

   • 在协议有效期内，如果相关的法律法规发生了变动，可能会影响到协议的效力。但一般来说，法律法规的变动不会直接导致已经签订的协议失效，除非该变动明确规定了旧协议的失效条件。

实际操作建议

1. 审查协议内容：

   • 建议您首先仔细审查房屋旧改协议的具体内容，特别是关于有效期的约定。如果协议中有明确的有效期，且已经届满，那么您需要与对方协商是否续签或重新签订协议。

2. 咨询法律专业人士：

   • 如果您对协议的效力存在疑问，或者协议内容复杂、涉及金额较大，建议您咨询专业的法律人士。他们可以根据您的具体情况，提供更详细、更准确的法律意见。

3. 关注法律法规变动：

   • 在协议有效期内，您应关注相关法律法规的变动情况。如果法律法规发生了变动，且可能影响到协议的效力，您应及时与对方沟通，并考虑是否需要调整协议内容。

总结来看，房屋旧改协议两年后是否失效，并没有一个固定的答案。它取决于协议中的具体约定、相关法律法规的规定以及双方的实际履行情况。如果您对此问题存在疑问，或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。