结论前置：退赃后司法机关仍划扣款项，通常涉及退赃与执行程序的衔接问题，需结合具体法律程序和案件性质分析。以下是分情况说明：

1. 退赃与执行程序的区分

退赃是指犯罪嫌疑人、被告人主动退还违法所得或赃款赃物，属于量刑情节（如从轻、减轻处罚）的考量范围；而司法划扣是执行程序中的强制措施，针对被生效法律文书（如判决书、裁定书）确认的债务或财产。
若退赃后仍被划扣，可能因：

• 退赃金额未覆盖全部违法所得，剩余部分需继续追缴；
  
• 退赃款项未被法院认定为“有效退赃”（如未通过指定账户退缴，或退缴后未被纳入执行标的）；
  
• 案件涉及民事赔偿、罚金等，退赃仅解决刑事部分，民事责任仍需履行。

2. 退赃后被划扣的常见情形

（1）退赃未覆盖全部责任

例如，被告人因诈骗罪被判退赔被害人损失100万元，但仅退赃50万元。剩余50万元可能通过司法划扣其其他财产（如银行账户、房产等）执行。
法律依据：《刑法》第64条（犯罪物品的处理）规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或责令退赔。

（2）退赃与罚金、没收财产并处

若判决书同时判处罚金或没收财产，退赃仅解决违法所得退赔问题，罚金或没收财产仍需执行。例如：

• 被告人因贪污罪被判“退赃50万元，并处罚金20万元”，退赃后仍需缴纳罚金，否则可能被划扣财产。
  法律依据：《刑法》第52条（罚金数额的裁量）、第59条（没收财产的范围）。

（3）退赃未被纳入执行程序

若退赃未通过法院指定渠道（如未缴至法院执行账户），或退缴后未在执行阶段被确认，司法机关可能因不知情而继续划扣。
建议：退赃时应要求办案机关出具收据，并明确款项用途（如“退赔被害人”或“缴纳罚金”），避免后续纠纷。

3. 如何应对退赃后被划扣？

（1）核实划扣依据

要求司法机关出具执行裁定书或协助执行通知书，明确划扣的法律依据（如哪份判决书的哪一条款）。
若划扣无依据：可提出执行异议，要求撤销划扣行为。

（2）区分退赃与执行标的

若退赃已覆盖全部违法所得，但划扣针对的是罚金或民事赔偿，需区分责任性质。例如：

• 退赃50万元（退赔被害人），但罚金20万元未缴纳，此时划扣合法；
  
• 若退赃50万元已涵盖退赔和罚金，则划扣可能违法，需通过法律程序纠正。

（3）申请执行回转

若划扣错误（如已退赃但重复划扣），可向法院申请执行回转，要求返还被划扣款项。
法律依据：《民事诉讼法》第233条（执行回转）。

4. 实务建议

• 退赃时明确用途：与办案机关沟通，确保退赃款项被准确记录为“退赔被害人”或“缴纳罚金”，避免混淆。
  
• 保留证据：保存退赃凭证（如银行转账记录、收据）、判决书等材料，以备后续核查。
  
• 及时沟通：若发现被划扣，立即联系执行法院或办案机关，要求说明理由并提供依据。

总结：退赃与司法划扣可能因责任范围、程序衔接等问题并存，需结合具体案件和法律文书分析。若对划扣有异议，建议通过法律程序维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件情况。