结论前置：烟草公司对小卖部的管辖权主要限于烟草专卖相关事项，不能直接管理小卖部除烟草专卖外的其他货物数量，但可通过合法程序对烟草专卖品进行监管。具体分析如下：

1. 烟草公司的法定管辖范围

根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例，烟草公司的核心职责是对烟草专卖品的生产、销售、进出口实施专卖管理，具体包括：

• 许可证管理：审核、发放烟草专卖零售许可证，监督持证商户合法经营；
• 市场监管：查处无证经营、销售假冒伪劣烟草制品、非法渠道进货等行为；
• 配额管理：对烟草专卖品的销售数量、价格等提出建议或要求（需符合地方规定）。

但需明确：烟草公司的管辖权仅限于烟草专卖品（如卷烟、雪茄烟、烟丝等），不涉及小卖部其他商品（如食品、日用品）的进货、销售或库存管理。

2. 对小卖部烟草货物数量的“间接管理”

烟草公司可能通过以下方式影响小卖部的烟草库存，但均需依法进行：

• 订货配额：部分地区烟草公司会根据市场需求、商户等级等因素，为持证商户分配每月或每季度的烟草订货量。此配额仅针对烟草专卖品，且需通过合法程序（如合同、通知）告知商户，商户有权拒绝不合理配额。
• 库存检查：烟草专卖局可依法检查商户的烟草库存，核实是否存在超量囤积、非法渠道进货等行为，但无权要求商户调整其他商品的库存。
• 违规处罚：若商户违反烟草专卖规定（如销售走私烟、无证运输），烟草公司可依据《烟草专卖法》处罚，包括罚款、暂停供货、吊销许可证等，但处罚对象仅限于烟草专卖违法行为。

3. 小卖部的权利与应对建议

• 权利：商户有权自主决定非烟草商品的进货、销售和库存，烟草公司无权干涉；对烟草配额有异议的，可向当地烟草专卖局申诉或通过行政复议、诉讼途径维权。
• 建议：
  1. 保留烟草专卖零售许可证及相关文件，确保合法经营；
  2. 对烟草公司的配额或检查行为，要求其出具书面依据；
  3. 若认为烟草公司行为违法（如强制压货、干涉非烟草商品），可收集证据并向市场监管部门或上级烟草专卖局投诉。

总结：烟草公司的管辖权严格限定于烟草专卖领域，对小卖部其他货物无直接管理权。商户应依法经营，同时明确自身权利，避免被越权干预。如有具体纠纷，可进一步向我咨询细节。