结论前置：挂靠公司扣公章但法人未签字的情况下，担保合同是否生效需根据具体情况判断。若存在法定代表人有效签字、构成表见代理或公司事后追认等情形，担保合同可能生效；反之，则可能无效。

详细分析：

1. 法定代表人有效签字：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第六十一条，法定代表人以法人名义从事的民事活动，其法律后果由法人承受。因此，如果挂靠公司的法定代表人在担保合同上签字，即使公章被扣，该担保行为一般也可认定有效。但需注意，签字需为法定代表人本人所为，且需在职责范围内或得到公司授权。

2. 构成表见代理：

   • 依据《中华人民共和国民法典》第一百七十二条，如果挂靠公司的工作人员在没有明确授权的情况下，以公司名义提供担保，但相对人有理由相信其有代理权（如该工作人员一直负责公司类似业务，或持有相关业务文件），则担保行为可能构成表见代理，公司需承担担保责任。但相对人需证明其有理由相信工作人员有代理权，且需尽到合理的审查义务。

3. 公司事后追认：

   • 如果挂靠公司事后对担保行为进行了追认，如通过书面形式确认担保效力，或实际履行了担保义务，则担保合同可视为生效。但追认需明确、具体，且不得违反法律法规的强制性规定。

4. 担保合同无效的情况：

   • 如果担保合同上既无法定代表人签字，也不构成表见代理，且公司事后未进行追认，则该担保合同对挂靠公司不发生法律效力。此时，若因担保合同产生纠纷，挂靠公司可能无需承担担保责任。但需注意，如果相对人因信赖担保合同而遭受损失，且挂靠公司存在过错（如故意扣留公章导致相对人无法核实担保真实性），则挂靠公司可能需承担一定的赔偿责任。

法律建议：

• 对于挂靠公司而言，应严格管理公章使用，避免未经授权的人员使用公章或以公司名义提供担保。同时，应建立健全内部审批流程，确保担保行为的合法性和有效性。
• 对于相对人而言，在与挂靠公司签订担保合同时，应要求法定代表人签字并加盖公司公章，以降低法律风险。同时，应尽到合理的审查义务，核实签字人的身份和代理权。
• 如果发生担保合同纠纷，双方应首先通过协商解决；协商不成的，可依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁解决。

可能法律后果：

• 如果担保合同生效，挂靠公司需按照合同约定承担担保责任，如偿还债务、支付违约金等。
• 如果担保合同无效，挂靠公司可能无需承担担保责任，但需根据过错程度承担相应的赔偿责任。同时，可能面临行政处罚或刑事责任的风险（如涉及伪造公章等违法行为）。