结论：存单上只有操作员的工号而没有经办人的盖章，在法律和实务层面可能存在合规性风险，是否有效需结合具体情况判断。以下从法律规范、实务操作及风险防范三个角度展开分析：

1. 法律规范层面：需以书面形式明确权利义务

根据《中华人民共和国民法典》第四百六十九条，书面形式是合同（包括存单）成立的有效方式，但未强制要求必须加盖个人名章。存单作为银行与存款人之间的债权债务凭证，其核心要件是银行签章（如单位公章或合同专用章）及存款人信息（如姓名、账号、金额等）。操作员工号属于银行内部管理标识，若能通过工号追溯具体经办人，则从法律形式上可能满足“可识别性”要求。

但需注意：若银行内部规定或监管要求（如《储蓄管理条例》）明确存单需经办人签章，则缺失可能构成违规，导致存单在效力上存在瑕疵。

2. 实务操作层面：影响权利主张的便利性

• 对存款人：若存单遗失或发生纠纷（如金额争议），经办人签章可作为证明操作真实性的辅助证据。缺失签章时，存款人需依赖银行系统记录（如工号对应的操作日志）举证，可能增加维权成本。
• 对银行：经办人签章是内部风险控制的重要环节，缺失可能导致管理责任难以划分，尤其在操作错误或欺诈场景下，银行可能面临监管处罚或客户索赔。

实务建议：银行应完善存单签章规则，明确工号与签章的等效性；存款人可要求银行在存单上补充签章或书面确认操作真实性。

3. 风险防范层面：需区分“形式瑕疵”与“实质无效”

• 形式瑕疵：仅缺失签章但其他要素（如银行签章、金额、期限）完整，存单通常仍有效，但银行可能需承担因流程不规范导致的举证责任。
• 实质无效：若因缺失签章导致存单真实性无法确认（如工号无法追溯或银行否认操作），可能被认定为未成立或可撤销。

风险提示：存款人应核对存单要素完整性，发现缺失时及时要求补正；银行应定期自查流程合规性，避免因小瑕疵引发大风险。

总结：存单仅有操作员工号而无经办人盖章，法律上未必直接无效，但存在合规性及举证风险。建议双方通过补充签章或书面确认方式完善手续，降低纠纷概率。如有具体案例或合同条款争议，可进一步提供细节，我将结合条款内容深入分析。