农民工讨薪时阻止施工是否会被拘留，需分情况讨论：

1. 正常讨薪不会拘留

若农民工通过合法途径讨薪，如与用人单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等，这些行为受法律保护，不会被拘留。例如，农民工可携带劳动合同、工资欠条、考勤记录等证据，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求支付欠薪。

2. 违法讨薪可能被拘留

若讨薪过程中采取暴力、威胁、阻碍执法、故意毁坏财物、非法限制人身自由等违法方式，则可能被拘留甚至面临刑事处罚。具体包括：

• 扰乱公共秩序：在公共场所打横幅、喊口号、围堵办公场所、限制他人人身自由，或实施跳楼、跳桥等自杀、自伤行为，扰乱单位、公共场所、交通等秩序。根据《治安管理处罚法》第二十三条，可处五日以上十日以下拘留，并处五百元以下罚款。
• 聚众扰乱社会秩序：聚众扰乱社会秩序，情节严重，致使工作、生产、营业和教学、科研、医疗无法进行，造成严重损失的，对首要分子和其他积极参加者，以聚众扰乱社会秩序罪追究刑事责任。
• 非法拘禁：非法剥夺他人人身自由，以非法拘禁罪追究刑事责任。
• 虚假讨薪或诈骗：编造虚假资料讨薪，或以讨薪为名实施诈骗，数额较大的，以诈骗罪追究刑事责任。

案例参考：灌口镇杨某等六名农民工，在包工头的教唆下，通过跳楼威胁的方式讨要工程款，导致多部门出动大量人员、车辆到场劝阻，严重影响各单位正常办公秩序及社会公共秩序。经公安机关调查，6人均被处以行政拘留处罚。

3. 如何依法理性维权

为避免法律风险，农民工应通过合法途径讨薪：

• 收集证据：保留劳动合同、工资欠条、工作证、考勤记录、工友证言等，证明劳动关系及欠薪事实。
• 投诉或仲裁：向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，提交仲裁申请及证据。
• 提起诉讼：若对仲裁结果不服，可在规定期限内向法院起诉。
• 刑事报案：若包工头涉嫌拒不支付劳动报酬罪，可向公安机关报案，追究其刑事责任。

总结：农民工讨薪时，若采取合法途径，不会被拘留；但若采取违法方式，如阻止施工、扰乱秩序等，则可能面临行政拘留或刑事处罚。建议农民工依法理性维权，通过合法途径解决欠薪问题。如有法律问题，可直接向我咨询。