员工做两天自离，公司扣工资需遵循法律规定，不能随意扣除，具体分析如下：

一、自离扣工资的合法性及限制

自离，即自动离职，属于劳动者违法解除劳动合同的行为。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，若因劳动者自离给用人单位造成损失，用人单位可要求其赔偿经济损失。但赔偿金额的扣除有严格限制：

1. 扣除比例限制：赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。例如，若劳动者月工资为5000元，则每月最多可扣除1000元（5000元×20%）。
2. 最低工资标准保障：若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这是为了保障劳动者的基本生活需求。

二、自离两天工资的计算与支付

对于仅工作两天的员工，无论其是否自离，只要为用人单位提供了正常劳动，用人单位就应当按照劳动合同约定或国家规定支付工资。具体计算方式如下：

• 日工资计算：若劳动合同中约定了月工资标准，则日工资可按“月工资÷21.75天（月计薪天数）”计算。例如，月工资为5000元，则日工资约为229.89元（5000元÷21.75天）。
• 两天工资总额：根据日工资计算，两天工资总额约为459.78元（229.89元×2天）。

用人单位应全额支付这459.78元工资，除非能证明因员工自离造成了实际损失，且该损失符合上述扣除比例和最低工资标准的限制。

三、用人单位的举证责任

若用人单位主张因员工自离造成了损失，并要求从工资中扣除赔偿，则用人单位需承担举证责任。具体包括：

1. 证明损失存在：用人单位需提供证据证明因员工自离造成了实际经济损失。
2. 证明因果关系：用人单位需证明该损失与员工自离行为之间存在直接因果关系。
3. 证明损失数额：用人单位需准确计算并证明损失的具体数额。

若用人单位无法提供充分证据，则不得随意扣除员工工资。

四、员工维权途径

若员工认为用人单位扣工资行为不合理，可通过以下途径维权：

1. 与用人单位协商：直接与用人单位沟通，指出其扣工资行为违反法律规定，要求足额支付工资。
2. 向劳动监察部门投诉：准备好劳动合同、工资条、考勤记录等能证明劳动关系和工资情况的材料，向当地劳动监察大队投诉。
3. 申请劳动仲裁：若协商和投诉无法解决，可在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁结果不服的，还可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。

员工做两天自离，公司不能随意扣工资。若因自离给公司造成损失，公司可要求赔偿，但赔偿金额的扣除需遵循法律规定。员工若认为扣工资行为不合理，可通过协商、投诉或仲裁等途径维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。