回复函一般不可以只盖代理公司章，而应加盖本单位公章，具体分析如下：

1. 从政府采购法规的角度： 根据《政府采购质疑和投诉办法》(财政部令第94号)的相关规定，采购人、代理机构在书面答复供应商质疑时，应当加盖本单位公章。这一规定明确了回复函的盖章要求，即应使用本单位公章，而非代理公司章。如果回复函未加盖本单位公章，可能不被认可，供应商对质疑答复不满意的，可依法提起投诉。

2. 从合同与法律效力的角度： 在商业活动中，回复函作为正式的法律文件，其盖章行为代表了发函单位的正式确认和承诺。使用代理公司章可能引发关于回复函真实性和法律效力的争议。为了确保回复函的法律效力，避免潜在的纠纷，应使用本单位公章进行盖章。

3. 从实际操作与风险防范的角度： 在实际操作中，使用本单位公章盖章可以确保回复函的权威性和一致性，有助于维护单位的形象和信誉。同时，这也是一种风险防范措施，可以避免因盖章不当而引发的法律风险。如果仅使用代理公司章，可能会在后续的法律纠纷中处于不利地位。

建议：

• 在制作回复函时，务必使用本单位公章进行盖章，以确保其法律效力和权威性。
• 如果涉及代理事项，可以在回复函中明确说明代理关系，并附上相关授权文件，但盖章仍应使用本单位公章。
• 在日常经营中，应建立健全的公章管理制度，确保公章的使用符合法律法规和单位规定。

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