违反工作制度时，工资扣除的金额并非固定，而是受到多种因素的限制，包括但不限于劳动合同的约定、公司规章制度的规定以及法律法规的约束。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规的约束
根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”这一规定明确了工资扣除的上限，即不得超过劳动者当月工资的20%，同时确保了劳动者的基本生活需求。
二、劳动合同与公司规章制度的约定
劳动合同：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了违反工作制度的处罚措施，包括工资扣除的具体金额或比例，那么用人单位在扣除工资时应当遵循劳动合同的约定。但需要注意的是，这种约定不得违反法律法规的强制性规定。
公司规章制度：公司规章制度是用人单位为了规范员工行为、维护企业秩序而制定的内部规定。如果公司规章制度中规定了违反工作制度的处罚措施，包括工资扣除，那么这种规定在符合法律法规的前提下，对劳动者具有约束力。然而，公司规章制度必须经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知，否则可能对劳动者不产生法律效力。
三、实际操作中的注意事项
合理性原则：用人单位在扣除工资时，应当遵循合理性原则，确保扣除的金额与劳动者违反工作制度的严重程度相匹配。不得滥用扣除工资的权利，对劳动者进行不合理的处罚。
证据保留：用人单位在扣除工资前，应当收集并保留劳动者违反工作制度的证据，如监控录像、工作记录、同事证言等。这些证据将有助于用人单位在劳动争议中证明自己的主张。
沟通与协商：在扣除工资前，用人单位可以与劳动者进行沟通与协商，了解劳动者违反工作制度的原因和情况，并尝试通过其他方式解决问题，如警告、培训、调岗等。这有助于维护劳动关系的和谐稳定。
四、可能的法律后果
如果用人单位违反法律法规或劳动合同的约定，擅自扣除劳动者工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动争议仲裁。在这种情况下，用人单位可能需要承担补发工资、支付赔偿金等法律责任。
建议：作为劳动者，在面对工资扣除问题时，应当首先了解自己的权利和义务，以及用人单位的相关规定和法律法规。如果认为用人单位的扣除行为不合理或违法，可以及时向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。同时，有问题也可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。