针对您提出的“承包方起诉支付工程款发包方是否可以要求直接扣减工期违约金”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，违约金并不一定直接在工程款中扣除，这主要取决于当事人在合同中的具体约定。在建筑施工合同中，如果双方明确约定了承包方因违约行为（如工期延误）需支付的违约金，并且进一步约定了发包方有权直接在履约保函中执行或直接从工程款中扣除该违约金，那么在这种情况下，发包方是有权要求直接扣减工期违约金的。

然而，如果合同中没有这样的明确约定，发包方就不能单方面直接从工程款中扣除违约金。此时，如果承包方起诉要求支付工程款，而发包方认为承包方存在违约行为并应支付违约金，那么发包方需要通过法律途径（如提起反诉或另行起诉）来主张其违约金权利。

此外，根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。如果约定的违约金低于造成的损失，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；如果约定的违约金过分高于造成的损失，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

综上所述，发包方是否可以要求直接扣减工期违约金，主要取决于合同中的约定。如果合同中有明确约定，并且符合法律法规的规定，那么发包方是有权这样做的；如果合同中没有明确约定，发包方则需要通过法律途径来主张其违约金权利。因此，在处理此类问题时，建议双方首先审查合同条款，并依据法律法规进行协商或诉讼。