工厂合作协议书法人不签字但有公章，该协议书在一般情况下是有效的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、公章的法律效力

1. 公章代表公司意志：

   • 公章是公司对外进行意思表示的重要工具，具有代表公司意志的法律效力。在合同上加盖公章，通常视为公司对合同内容的认可和接受。

2. 公章与签字的关系：

   • 虽然签字也是合同生效的一种方式，但并非唯一方式。在法人未签字但加盖公章的情况下，只要公章真实且加盖过程合法，合同仍然可以生效。

二、合同生效的条件

1. 当事人具有相应的民事行为能力：

   • 签订合同的双方（包括工厂和合作方）必须具备相应的民事行为能力，即能够独立进行民事活动并承担民事责任。

2. 意思表示真实：

   • 合同内容必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。在法人未签字但加盖公章的情况下，只要公章加盖行为是法人真实意思的表示，合同即满足意思表示真实的条件。

3. 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：

   • 合同内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。这是合同生效的基本前提。

三、特殊情况下的考虑

1. 公章被盗用或滥用：

   • 如果公章被盗用或滥用，导致合同并非法人真实意思的表示，那么合同可能无效。在这种情况下，法人可以主张合同无效，并追究相关责任人的法律责任。

2. 合同内容存在瑕疵：

   • 即使公章真实且加盖过程合法，如果合同内容存在瑕疵（如条款不明确、存在歧义等），也可能影响合同的效力。因此，在签订合同时，双方应仔细审查合同内容，确保条款清晰、明确。

四、法律建议

1. 确保公章的真实性和合法性：

   • 在签订合同时，应确保所使用的公章是真实且合法的，避免使用伪造或盗用的公章。

2. 完善合同签订程序：

   • 尽管公章加盖可以代表公司意志，但为了确保合同的严谨性和有效性，建议法人或其授权代表在合同上签字。这样可以在一定程度上减少纠纷的发生。

3. 及时咨询专业律师：

   • 如果在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题，建议及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。

结论：工厂合作协议书法人不签字但有公章，在一般情况下是有效的。但为了确保合同的严谨性和有效性，建议法人或其授权代表在合同上签字，并在遇到法律问题时及时咨询专业律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。