针对您提出的“租房协议房东写不含房屋租赁费，如果税务部门征收房屋租赁税由乙方缴纳是否合法”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据相关法律法规，负有纳税义务的单位和个人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款。在房屋租赁关系中，出租人（即房东）作为收受租金的纳税方，有义务按照法律、行政法规的规定缴纳相应的税款，这通常包括房屋租赁税等。

现在，我们来分析租房协议中的这一条款：“如果税务部门征收房屋租赁税由乙方缴纳”。从法律角度来看，这一条款试图将原本应由房东承担的纳税义务转移给租客（即乙方）。然而，这种转移并不符合法律法规的规定，因为纳税义务是法定的，不能通过合同条款随意转移。

具体来说，即使租房协议中明确写了这一条款，它也不具有法律效力。因为税务部门在征收税款时，是依据法律法规来确定纳税义务人的，而不是依据租房协议中的约定。如果房东试图通过租房协议将纳税义务转移给租客，那么这种行为可能构成偷税漏税，一旦被税务部门发现，将会面临相应的法律责任。

因此，对于您的问题，我的答案是：租房协议中房东写不含房屋租赁费，并约定由乙方缴纳房屋租赁税是不合法的。出租人作为收受租金的纳税方，有义务按照法律、行政法规的规定缴纳相应的税款。如果房东试图通过合同条款将这一义务转移给租客，那么这种行为是无效的，并且可能面临法律责任。

希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。