针对国有公司违法租用村集体用地的问题，我们可以按照以下步骤来处理：

首先，村集体应主动与国有公司进行沟通协商。在协商过程中，村集体需要明确了解土地占用的具体情况，包括占用的目的、期限以及是否已经获得了合法的用地手续等。同时，村集体可以要求公司给予相应的补偿，以弥补因土地被占用而给村集体带来的损失。

如果协商未能达成一致，或者公司拒绝进行协商，村集体可以依据《土地管理法》等相关法律法规，向县级以上人民政府自然资源主管部门反映情况。自然资源主管部门在接到反映后，会介入调查处理。他们有权责令公司退还非法占用的土地，并根据土地利用总体规划的情况，采取相应的措施。如果公司违反土地利用总体规划，擅自将农用地改为建设用地，那么自然资源主管部门会限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并恢复土地原状。如果公司的行为符合土地利用总体规划，那么自然资源主管部门会没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并可以并处罚款。

在情节严重的情况下，相关责任人可能会依法被追究刑事责任。这显示了法律对于保护土地资源、维护土地管理秩序的严肃态度。

除了向自然资源主管部门反映情况外，村集体还可以通过法律途径来维护自身的合法权益。具体来说，村集体可以向人民法院提起诉讼，要求公司停止侵权行为、恢复土地原状或者给予相应的赔偿。在诉讼过程中，村集体需要提供充分的证据来证明公司的违法行为以及自身因此遭受的损失。

综上所述，处理国有公司违法租用村集体用地的问题需要村集体采取积极、主动的态度，通过沟通协商、向政府部门反映情况以及通过法律途径来维护自身的合法权益。