核心结论：公司代付承包商机械费后承包商不认可，公司可通过协商、证据收集与法律途径解决纠纷。以下是具体分析及建议：

1. 核查合同与付款依据

• 合同条款审查：首先检查承包合同中关于机械费支付主体、方式及确认流程的约定。若合同明确约定由公司代付且承包商已签字确认（如通过补充协议、工作联系单等），则承包商的否认可能构成违约。
• 付款流程合规性：确认代付行为是否符合公司内部财务制度及税务规定（如代付是否需承包商出具委托书、发票是否直接开具给承包商等）。若流程存在瑕疵，可能影响证据效力。

2. 收集与固定证据

• 书面证据：
  • 承包商签字确认的代付申请或同意书；
  • 付款凭证（银行转账记录、支票存根等）；
  • 机械费明细清单及对应合同条款；
  • 沟通记录（邮件、微信等，证明承包商知晓并同意代付）。
• 证人证言：若涉及第三方（如机械供应商）见证代付过程，可要求其出具书面说明。
• 录音/录像：若与承包商沟通时有录音或录像，可作为辅助证据（需注意合法性，避免侵犯隐私）。

3. 协商与书面催告

• 发送律师函：委托律师向承包商发送正式函件，明确代付事实、合同依据及要求限期确认或返还多付款项。律师函具有法律威慑力，可能推动承包商主动解决。
• 协商方案：提出折中方案（如分阶段确认、补充协议等），降低对抗性，同时保留进一步追责的权利。

4. 法律途径

• 起诉要求确认付款效力：若承包商仍拒绝认可，可向法院提起诉讼，请求确认代付行为合法有效，并要求承包商履行合同义务（如开具发票、确认工程量等）。
• 反诉或抗辩：若承包商主张公司未付款或付款不足，公司可反诉其违约，并要求赔偿因纠纷导致的损失（如工期延误、额外融资成本等）。
• 申请财产保全：为防止承包商转移财产，可在起诉时申请法院冻结其账户或等值资产。

5. 预防措施

• 完善合同条款：未来合同中明确代付的触发条件、流程及争议解决方式（如仲裁条款）。
• 付款前确认：代付前要求承包商出具书面委托书，并留存其签字盖章的原件。
• 第三方见证：涉及大额代付时，可邀请监理单位或公证机构见证付款过程。

行动建议：立即整理所有相关证据，优先通过律师函协商解决；若无效，尽快启动诉讼程序，避免超过诉讼时效（一般为3年）。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。