旅客在火车上厕所内死亡，几个小时后才被发现，铁路公司是否承担赔偿责任，需结合具体情况分析，但通常情况下铁路公司需承担一定责任。以下从不同角度为您详细分析：

一、铁路运输合同角度

根据《民法典》第八百二十三条：“承运人应当对运输过程中旅客的伤亡承担赔偿责任；但是，伤亡是旅客自身健康原因造成的或者承运人证明伤亡是旅客故意、重大过失造成的除外”。在本案中，旅客与铁路公司之间形成了铁路运输合同关系，铁路公司有义务将旅客安全地运送到目的地。若旅客的死亡并非因其自身健康原因或故意、重大过失造成，铁路公司则需承担赔偿责任。

二、安全保障责任角度

铁路公司作为公共运输服务提供者，对旅客负有安全保障义务。这包括提供安全的乘车环境、列车运行安全以及防止犯罪人员的出现等。若铁路公司的安全保障措施不到位，如安检存在漏洞，导致危险物品或人员上车，进而造成旅客伤亡，铁路公司则需承担相应的赔偿责任。在您描述的案例中，若铁路公司未能及时发现并处理厕所内的异常情况，也可能被视为安全保障措施不到位。

三、具体案例分析

1. 若死亡由第三方犯罪行为导致：

   • 第三方犯罪行为并非铁路公司免除赔偿责任的借口。铁路公司仍需对其安全保障措施的不到位承担责任。
   • 铁路公司在承担赔偿责任后，有权向加害人追偿。

2. 若死亡由铁路公司过失导致：

   • 如厕所设施存在安全隐患、未及时进行安全检查等，铁路公司需直接承担赔偿责任。

四、法律建议

1. 收集证据：

   • 家属应尽快收集相关证据，如火车票、死亡证明、现场照片或视频等，以证明旅客与铁路公司之间的运输合同关系以及死亡事实。
   • 若可能，还应收集证据证明铁路公司在安全保障方面的过失。

2. 与铁路公司协商：

   • 家属可以与铁路公司进行协商，要求其承担相应的赔偿责任。
   • 在协商过程中，家属应明确提出赔偿要求，并依据相关法律法规进行据理力争。

3. 寻求法律援助：

   • 若协商无果，家属可以寻求法律援助，通过法律途径维护自身权益。
   • 在此过程中，建议家属咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。

案例参考：在类似案例中，铁路公司通常因安全保障措施不到位而被判承担一定比例的赔偿责任。例如，在某起列车杀人案中，尽管凶手是直接责任人，但铁路公司因安检漏洞被判承担部分赔偿责任。

总结与建议：旅客在火车上厕所内死亡，铁路公司是否承担赔偿责任需结合具体情况分析。但通常情况下，若死亡并非由旅客自身原因造成，且铁路公司在安全保障方面存在过失，则需承担一定责任。因此，建议家属在发生此类事件后，及时收集证据、与铁路公司协商，并在必要时寻求法律援助。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。