结论：公司对员工上晚班擅自离岗5小时扣绩效500元并记过一次的处理是否合理，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、公司规章制度与劳动合同的约定

1. 规章制度合法性：

   • 公司规章制度需经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、协商等），并公示或告知员工。若规章制度未经民主程序或未公示，则可能不具备法律效力。
   • 规章制度中关于“擅自离岗”的处罚条款需明确、具体，且不得违反法律法规的强制性规定。

2. 劳动合同约定：

   • 劳动合同中若明确约定了员工擅自离岗的处罚措施（如扣绩效、记过等），且该约定不违反法律法规，则公司有权依据劳动合同进行处理。
   • 若劳动合同未约定或约定不明确，公司需依据规章制度或相关法律法规进行处理。

二、处罚的合理性分析

1. 扣绩效500元：

   • 扣绩效需有明确的依据和标准，且扣减的金额需与员工的违规行为成比例。若扣500元绩效与员工擅自离岗5小时的行为相比，显得过重或不合理，则可能构成不当处罚。
   • 需考虑公司整体绩效管理制度的合理性，以及该员工平时的绩效表现。

2. 记过一次：

   • 记过是一种纪律处分，需有明确的依据和程序。公司应确保记过决定的作出符合规章制度或劳动合同的约定。
   • 记过对员工的影响（如晋升、薪酬调整等）需在合理范围内，且不得违反法律法规的强制性规定。

三、相关法律法规的考量

1. 《劳动法》与《劳动合同法》：

   • 根据《劳动法》和《劳动合同法》，用人单位有权制定规章制度，但不得违反法律法规的强制性规定。
   • 处罚措施需与员工的违规行为相适应，不得过度处罚或侵犯员工的合法权益。

2. 地方性法规与规章：

   • 不同地区可能有关于劳动纪律和处罚的具体规定，公司需确保处理措施符合当地法规的要求。

四、建议与后续行动

1. 核查规章制度与劳动合同：

   • 员工应首先核查公司的规章制度和劳动合同，了解关于擅自离岗的处罚条款。

2. 与公司沟通：

   • 若认为处罚不合理，员工可与公司进行沟通，提出异议并要求重新考虑处理决定。

3. 申请劳动仲裁：

   • 若沟通无果，员工可向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

举例说明：假设某公司规章制度明确规定，员工擅自离岗超过3小时，可扣减当月绩效的20%且记过一次。若某员工月绩效为2500元，擅自离岗5小时，则扣减绩效应为500元（2500元的20%），且记过一次。在此情况下，公司的处理措施是合理的。但若规章制度未明确规定扣减比例或记过条件，或扣减比例过高，则可能构成不当处罚。

总结：公司对员工上晚班擅自离岗5小时扣绩效500元并记过一次的处理是否合理，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规进行综合判断。员工若认为处理不合理，可与公司沟通或申请劳动仲裁。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。