针对您提出的“公司自然人破产怎么赔偿”的问题，这实际上涉及到的是自然人独资企业（或称为一人有限责任公司，在特定情境下）在破产清算时的赔偿机制。以下是我为您提供的详细解答：
一、自然人独资企业的破产清算原则
自然人独资企业，即由单个自然人投资设立，财产为投资人个人所有，且投资人对企业债务承担无限责任的经营实体。当此类企业面临破产清算时，需遵循以下原则：
资产清算与评估：首先，由清算组或投资人组织的清算机构对企业的全部资产进行清理、评估，编制资产负债表和财产清单，确保资产记录的准确性和公正性。
债务确认与清偿顺序：清算组需逐一确认企业债务，并按法律规定顺序清偿。首先是所欠职工工资和社会保险费用，其次是税款，最后是其他债务。这一顺序旨在保障职工的基本生活和社会保障权益，以及国家的税收利益。
二、投资人的无限责任
在自然人独资企业破产清算过程中，一个关键点是投资人的无限责任。这意味着：
个人财产承担：若企业财产不足以清偿全部债务，投资人需以其个人其他财产（包括可能的家庭共有财产，如果投资人在设立企业时明确以家庭共有财产作为出资）承担无限责任，即继续偿还剩余债务。
法律程序遵循：整个破产清算过程需严格遵循法律程序，包括向法院提交破产申请（如适用）、接受法院监督和指导、执行清算组决定等。
三、具体赔偿流程
清算程序启动：个人独资企业可能因投资人决定解散、投资人死亡无继承人或继承人放弃继承、被依法吊销营业执照等情形而解散，进而启动清算程序。
债权人申报债权：清算前需书面通知债权人，并公告无法通知的债权人，确保债权申报的及时性。债权人需在规定时间内申报其债权。
资产分配与债务清偿：根据清算结果，按照法定清偿顺序分配企业资产，偿还债务。若资产不足以清偿全部债务，则投资人需以个人财产继续偿还。
企业注销：在清偿完所有债务后（或确定无法进一步清偿后），编制清算报告，并到登记机关办理注销登记，完成企业的法律终结。
四、实际案例说明
以张三设立的个人独资企业为例，假设企业清算时资产50万元，需先支付职工工资和社保费用20万元，再缴纳税款10万元，剩余20万元用于偿还其他债务。若债务总额40万元，则张三需以个人财产偿还剩余的20万元债务。若张三以家庭共有财产出资设立企业，则家庭共有财产也需用于偿还这部分债务。
五、建议与预防
对于投资人而言，合理管理企业财务、避免过度负债是预防破产风险的关键。同时，建议投资人在设立企业时明确财产归属，避免个人财产与企业财产混同，以减少在破产清算时可能面临的个人财产风险。
综上所述，自然人独资企业在破产清算时，应严格按照法定程序进行资产清算、债务确认与偿还，确保债权的公平受偿和投资人的无限责任承担。希望以上解答能对您有所帮助。