工程验收程序不合规，主要违反了《建设工程质量管理条例》的相关规定。以下是对此问题的详细分析：
一、主要违规点
未组织竣工验收擅自交付使用：
- 根据《建设工程质量管理条例》第五十八条，建设单位若未组织竣工验收便擅自交付使用，属于违规行为。这通常意味着工程在未经过正式验收程序的情况下，就被投入使用，可能存在质量隐患。
验收不合格擅自交付使用：
- 同样依据《建设工程质量管理条例》第五十八条，若工程验收不合格，建设单位却擅自交付使用，也是违规的。这表示工程在质量上未达到标准，但建设单位仍强行将其投入使用，可能对使用者造成安全风险。
对不合格的建设工程按照合格工程验收：
- 这一行为同样违反了《建设工程质量管理条例》第五十八条。它指的是在验收过程中，将实际上不合格的工程错误地判定为合格，从而掩盖了工程的质量问题。
二、法律后果
对于上述违规行为，建设单位将面临以下法律后果：
- 责令改正：相关行政主管部门会要求建设单位立即停止违规行为，并采取措施进行改正。
- 罚款：根据违规的严重程度，建设单位将被处以工程合同价款2%以上4%以下的罚款。具体罚款比例根据工程类型（如市政工程的小型、中型、大型）和涉案工程面积（如20000平方米以下、20000平方米以上50000平方米以下、50000平方米以上）等因素确定。
- 赔偿责任：若因违规行为造成损失，建设单位还需依法承担赔偿责任。
三、建议与措施
严格遵守验收程序：
- 建设单位应严格按照相关法律法规和验收标准组织工程验收，确保工程在质量上达到标准后再进行交付使用。
加强内部管理：
- 建设单位应建立健全内部管理制度，加强对验收过程的监督和管理，防止出现违规行为。
及时整改与报告：
- 若在验收过程中发现工程存在质量问题或不合规情况，建设单位应及时进行整改，并向相关行政主管部门报告整改情况。
若您在工程验收过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。