农村非法占耕地建房住宅有偿使用费并不合法。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律角度

1. 耕地保护原则：

   • 根据我国相关法律法规，耕地是受到严格保护的资源，任何单位和个人不得非法占用耕地进行非农业建设。非法占用耕地建房，显然违反了耕地保护的原则。

2. 有偿使用费的合法性：

   • 有偿使用费通常是在合法使用土地的前提下，对土地使用权的补偿或费用。然而，在非法占用耕地建房的情况下，由于行为本身违法，因此收取有偿使用费缺乏法律依据。
   • 法律并未规定对非法占用耕地的行为可以通过收取有偿使用费来合法化或减轻处罚。相反，对于非法占用耕地的行为，法律通常规定的是责令退还非法占用的土地、限期拆除或没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并可以处以罚款等处罚措施。

二、实践角度

1. 执法实践：

   • 在实际执法过程中，对于非法占用耕地建房的行为，相关部门通常会依法进行查处，包括责令停止违法行为、限期拆除或没收建筑物等，而不会通过收取有偿使用费来处理。

2. 社会效果：

   • 如果允许对非法占用耕地建房的行为收取有偿使用费，可能会引发不良的社会效果，如鼓励非法占用耕地、破坏土地资源等。这不利于维护土地资源的合理利用和保护。

三、建议与后果

1. 建议：

   • 对于已经非法占用耕地建房的情况，建议当事人尽快与相关部门沟通，了解具体的处理方式和要求，积极配合整改工作，以减轻可能的法律后果。
   • 同时，对于未来有建房需求的农村村民，应依法申请宅基地，并按照规定的程序和要求进行建设，以避免非法占用耕地等违法行为的发生。

2. 法律后果：

   • 如果继续非法占用耕地建房并拒绝整改，可能会面临更严重的法律后果，包括但不限于罚款、强制拆除建筑物、恢复土地原状等。在严重情况下，还可能涉及刑事责任。

农村非法占耕地建房住宅有偿使用费并不合法。对于此类行为，应依法进行查处和整改，以维护土地资源的合理利用和保护。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。