核心结论：行政协议中约定的违约金过高时，可通过协商调整、司法调整或依据行政程序规则调整等方式来处理。以下是具体分析：

1. 协商调整
   行政协议本质上是行政机关与相对人之间就公共事务达成的合意，双方可基于平等、自愿原则对违约金条款进行协商修改。若相对人认为违约金过高，可主动向行政机关提出调整请求，并提供合理依据（如实际损失、行业惯例等）。行政机关在评估后，若认为调整合理，可与相对人重新签订补充协议或出具书面调整意见。此方式效率较高，且能维护双方合作关系。

2. 司法调整
   若协商未果，相对人可在行政诉讼中请求法院对违约金进行调整。根据《民法典》第五百八十五条（虽针对民事合同，但行政协议中违约金调整可参照适用），法院可依据“实际损失为基础，兼顾合同履行情况、当事人过错程度以及预期利益等综合因素”进行裁量。若违约金超过实际损失的30%，一般可认定为“过高”，法院有权调减。需注意，行政诉讼中法院对行政协议的审查范围包括合法性及合理性，违约金过高属于合理性审查范畴。

3. 依据行政程序规则调整
   部分行政协议可能受特别行政程序规则约束（如政府采购合同、特许经营协议等）。若协议中约定了违约金调整机制（如按日计收违约金的上限），则应优先适用协议约定。若未约定，可参照《行政处罚法》中“过罚相当”原则，主张违约金应与行政协议的公共目的、相对人违约行为的性质及后果相适应。例如，若相对人仅轻微违约且未造成实际损失，行政机关主张高额违约金可能被认定为滥用行政优益权。

实务建议：

• 相对人应保留违约金计算依据（如合同文本、付款记录、损失证明等），以便在协商或诉讼中举证。
  
• 行政机关在设定违约金时，应遵循“比例原则”，确保违约金与违约行为的危害性、公共利益受损程度成比例。
  
• 若涉及重大行政协议（如PPP项目），建议提前在协议中约定违约金调整机制（如分期调整、第三方评估等），以减少后续争议。
  

如有具体案件或协议文本需要分析，可直接向我提供细节，我将进一步结合协议性质、违约情节及法律规范给出针对性建议。