当合同中约定的违约金过高时，您可以采取以下几种方式来处理，以确保合同的公平性和合理性：
一、协商调整
首先，您可以尝试与合同另一方进行友好协商。在协商过程中，双方可以本着平等、自愿、公平的原则，就违约金过高的问题进行深入讨论，并尝试重新达成一致意见。如果能够就降低违约金数额达成共识，双方可以签订补充协议，明确新的违约金标准。这种方式相对灵活高效，能够充分体现双方的意愿，并有利于维持良好的合作关系。
二、请求法院或仲裁机构调整
如果协商不成，您可以依据相关法律规定，向人民法院或者仲裁机构提出请求，要求适当减少违约金。在提出请求时，您需要提供充分的证据来证明约定的违约金数额远远超过了您的实际损失。这些证据可以包括因违约行为造成的实际经济损失的相关凭证、市场同类交易的违约金一般标准等。
法院或仲裁机构在判断违约金是否过高时，会综合考虑多种因素，包括实际损失、合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等。他们会根据公平原则和诚实信用原则进行衡量，并酌情确定合理的违约金数额。
三、质证要点
在对合同违约金约定过高进行质证时，您可以从以下几个方面着手：
合同履行情况：分析违约方的违约行为对合同目的实现的影响程度。如果违约行为轻微，对合同目的实现未造成实质性影响，而约定的违约金却过高，这显然是不合理的。
实际损失考量：提供证据证明因违约行为给守约方带来的实际经济损失远低于约定的违约金数额。这有助于法院或仲裁机构准确判断违约金的合理性。
行业惯例和市场行情对比：如果合同约定的违约金明显高于同行业类似合同的普遍标准，这可以作为质证的理由之一。通过对比行业惯例和市场行情，可以进一步证明约定的违约金过高。
公平和诚实信用原则：强调违约金约定过高导致双方利益严重失衡，违背公平和诚实信用原则。法院在审理此类案件时，通常会考虑这一因素，并对违约金进行合理认定。
四、注意事项
在处理合同违约金约定过高的问题时，您需要注意以下几点：
及时行动：一旦发现合同中的违约金约定过高，应及时采取行动，避免错过最佳的协商或诉讼时机。
保留证据：在协商或诉讼过程中，要保留好相关证据，以便在需要时提供证明。
寻求专业帮助：如果您对法律程序或证据收集不熟悉，可以寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保障。
综上所述，当合同中约定的违约金过高时，您可以通过协商调整、请求法院或仲裁机构调整以及质证等方式来处理。在处理过程中，要注意保留证据、及时行动并寻求专业帮助，以确保您的权益得到合理维护。