母子公司代收代付业务是否需要签协议，结论是：建议签订协议，以明确双方权利义务，降低法律风险。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律层面
合同必要性：
- 母子公司之间的代收代付业务，虽然存在股权关系，但法律上仍视为两个独立的民事主体。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的，应当遵循自愿、公平、等价有偿、诚实信用的原则，并建议通过书面形式明确双方的权利义务。
- 签订协议可以确保代收代付行为的合法性，避免因口头约定不明确而引发的法律纠纷。
协议内容要点：
- 协议应明确代收代付的具体事项，包括但不限于代收代付的款项性质、金额、期限、支付方式等。
- 协议应规定双方的权利义务，如代收方应按时足额将款项支付给收款方，代付方应确保款项来源合法等。
- 协议应包含违约责任条款，明确一方违约时应承担的法律责任，以保障协议的履行。
二、实务操作层面
风险防控：
- 签订协议有助于母子公司之间建立清晰的风险防控机制。通过协议，可以明确双方在代收代付过程中的责任边界，避免因责任不清而导致的损失。
- 协议可以作为内部财务管理和审计的依据，确保代收代付业务的合规性和透明度。
业务效率提升：
- 明确的协议条款可以减少双方在业务操作过程中的沟通成本，提高业务效率。
- 协议可以作为双方合作的基础，促进母子公司之间的长期稳定合作。
三、特殊情况考虑
内部调拨与代收代付的区分：
- 如果母子公司之间的资金往来属于内部调拨性质，且符合相关法律法规和公司章程的规定，可能不需要签订专门的代收代付协议。但即便如此，也建议通过内部文件或决议等形式明确资金往来的性质、金额和期限等。
- 然而，在实际操作中，为了明确双方的权利义务和降低法律风险，即使属于内部调拨，也往往建议签订简化的协议或备忘录。
关联交易合规性：
- 母子公司之间的代收代付业务可能涉及关联交易。根据相关法律法规和监管要求，关联交易应当遵循公平、公正和公开的原则，并履行相应的审批和信息披露程序。
- 签订协议有助于证明关联交易的合规性，避免因关联交易不当而引发的法律风险和监管处罚。
建议：母子公司在进行代收代付业务时，应当签订书面协议以明确双方的权利义务和降低法律风险。协议内容应详细、明确，并符合相关法律法规和监管要求。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。