可以在催结算函中约定若逾期未提交将视为放弃结算，但需满足一定条件并注意相关法律后果。以下从不同角度为您详细分析：

一、合同自由原则下的约定有效性

根据合同自由原则，双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同的内容。因此，在催结算函中约定“若逾期未提交将视为放弃结算”，从原则上讲，是双方对结算程序的一种特别约定，这种约定本身并不违法，在双方意思表示真实、一致的情况下，该约定是有效的。

二、约定需明确具体且符合法律形式要求

1. 明确性：约定必须明确具体，不能含糊不清。例如，应明确“逾期未提交”的具体期限，以及“视为放弃结算”的具体后果，如是否影响最终结算金额、是否丧失后续追索权等。

2. 法律形式要求：虽然合同自由原则允许双方自由约定，但某些特定类型的合同或条款可能受到法律的特别规制。在建设工程领域，例如《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》就规定了发包人收到竣工结算文件后逾期不答复视为认可的情形。虽然您的情形可能不涉及建设工程，但这一规定体现了法律对特定类型合同结算程序的特别关注。因此，在约定时，应确保该约定不违反相关法律的特别规定。

三、约定后的法律后果与风险防范

1. 法律后果：一旦约定生效，若一方逾期未提交结算文件，将可能面临被视为放弃结算的法律后果。这可能导致该方丧失对结算金额的异议权，甚至影响其最终权益。

2. 风险防范：

   • 明确告知义务：在发出催结算函时，应明确告知对方约定的内容及法律后果，确保对方知悉并同意。
   • 保留证据：应妥善保留催结算函的发送记录、对方签收记录等证据，以备不时之需。
   • 考虑设置合理期限：约定的期限应合理，既要给对方足够的准备时间，又要避免期限过长导致结算程序拖延。

四、实践中的操作建议

1. 在合同中预先约定：与其在催结算函中临时约定，不如在合同签订时就明确结算程序及逾期未提交的后果。这样更能体现双方的真实意思表示，也更容易得到法院的认可。

2. 咨询专业律师：在约定前，建议咨询专业律师，确保约定内容合法、有效，并充分考虑可能面临的法律风险。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份销售合同，约定乙方应在收到货物后30日内提交结算文件。同时，双方在合同中特别约定：“若乙方逾期未提交结算文件，将视为乙方放弃结算，甲方有权按照甲方提供的结算金额进行结算。”后来，乙方逾期未提交结算文件，甲方按照约定进行了结算。此时，若乙方提出异议，法院可能会根据双方的约定及乙方的实际行为（逾期未提交）来判定乙方的异议不成立。

综上所述，虽然可以在催结算函中约定若逾期未提交将视为放弃结算，但需确保约定明确具体、符合法律形式要求，并充分考虑约定后的法律后果与风险防范。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。