在担保公司追偿权纠纷中，关于约定的违约金如何判决的问题，这涉及到违约金的法律性质、合同约定性以及法律对其数额的调整与限制。以下是对此问题的详细解答：
一、违约金的法律性质与依据
违约金是合同双方根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，基于意思自治原则对违约后果的预先约定。它具有法律约束力，旨在弥补守约方的实际损失（补偿性）或对违约方进行制裁（惩罚性）。在担保公司追偿权纠纷中，违约金通常作为担保合同或借款合同的一部分，具有明确的法律地位。
二、违约金在担保公司追偿权中的体现
借款合同约定的违约金：
- 作为主合同的一部分，借款合同中约定的违约金通常属于担保公司追偿的范围。当债务人违约时，担保公司在代偿后有权向债务人追偿这部分违约金。
担保合同约定的违约金：
- 担保合同中可能约定担保违约金和反担保违约金。这些违约金的性质和效力取决于担保合同的具体约定及法律法规的规定。担保公司在承担担保责任后，有权根据担保合同的约定向债务人或反担保人追偿违约金。
三、违约金的判决原则
合同约定优先：
- 违约金的具体数额和计算方式首先应遵循担保合同或借款合同的约定。如果合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，法院通常会尊重并采纳这一约定。
法律调整与限制：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，如果约定的违约金低于造成的损失，法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；如果约定的违约金过分高于造成的损失，法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
- 这一规定体现了法律对违约金数额的合理调整，旨在确保违约金的合理性，既保护担保公司的权益，又避免对违约方造成过重的负担。
综合考虑因素：
- 在判决违约金时，法院会综合考虑多种因素，包括担保公司的实际损失、违约方的过错程度、合同履行情况、市场风险等。这些因素将影响法院对违约金数额的最终判定。
四、实际应用中的建议
明确合同约定：
- 在签订担保合同或借款合同时，应明确约定违约金的数额、计算方式和支付条件。这有助于减少纠纷的发生，并在纠纷发生时提供明确的法律依据。
合理评估风险：
- 担保公司在承担担保责任前，应合理评估债务人的信用状况和还款能力，以及可能面临的违约风险。这有助于担保公司制定合理的风险控制措施，并在必要时通过法律手段维护自身权益。
寻求专业法律意见：
- 在处理担保公司追偿权纠纷时，建议寻求专业法律意见。律师可以根据具体情况提供法律分析和建议，帮助担保公司更好地维护自身权益。
综上所述，在担保公司追偿权纠纷中，关于约定的违约金如何判决的问题，法院将综合考虑合同约定、法律调整与限制以及多种实际因素来作出判决。因此，在签订合同时明确约定违约金条款，并在纠纷发生时寻求专业法律意见，对于担保公司维护自身权益具有重要意义。