针对您提出的“农村在原有房产证的情况下重新改造，邻居百般阻挠，怎么起诉邻居拿原有房产”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，您拥有原有房产的房产证，即您对该房产拥有合法的所有权。在重新改造过程中，如果邻居无理阻挠，这确实是一个需要解决的问题。

一、协商与调解

在采取法律手段之前，我建议您首先尝试与邻居进行协商，看是否能够达成和解。如果协商无果，您可以向村民委员会反映情况，请求他们进行调解。村民委员会作为基层群众自治组织，通常有一定的调解能力，可能能够帮助您解决问题。

二、法律途径

如果协商和调解都无法解决问题，那么您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。具体来说，您可以按照以下步骤进行：

1. 收集证据：

   • 收集能够证明您拥有房产所有权的证据，如房产证、购房合同等。
   • 收集邻居阻挠您改造房产的证据，如现场照片、视频、证人证言等。

2. 撰写起诉状：

   • 起诉状应明确您的诉讼请求，即要求邻居停止阻挠行为，并可能要求赔偿因此造成的损失。
   • 起诉状中应详细陈述事实和理由，说明邻居的阻挠行为如何侵犯了您的合法权益。

3. 向法院提起诉讼：

   • 将起诉状和相关证据提交给有管辖权的人民法院。
   • 法院在受理案件后，会安排开庭审理。在庭审过程中，您需要出示证据，陈述事实和理由，以支持您的诉讼请求。

4. 遵循法院判决：

   • 如果法院判决支持您的诉讼请求，邻居应停止阻挠行为，并可能承担赔偿责任。
   • 如果邻居不履行法院判决，您可以向法院申请强制执行。

三、法律依据

在处理此类问题时，您可以依据《中华人民共和国民法典》中关于相邻关系的规定。具体来说，民法典第二百八十八条规定：“不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。”如果邻居的行为违反了这一原则，侵犯了您的合法权益，那么您有权通过法律途径来维护自己的权益。

最后，我想强调的是，法律是维护社会公平和正义的重要工具。在遇到类似问题时，我们应该积极运用法律手段来维护自己的合法权益。同时，我也希望您能够保持冷静和理性，通过合法途径来解决问题。