关于学校规定住宿生周末不让离校是否合法的问题，这实际上涉及学校管理权限与学生个人自由之间的平衡，以及相关法律法规的遵循。

首先，我们需要明确的是，学校作为教育机构，有权根据自身的教育理念和安全管理需要，制定一系列的管理规定，包括学生的到校、离校时间等。这些规定的制定，通常是为了维护学校的正常教学秩序，保障学生的人身安全，以及促进学生的健康成长。

然而，学校在制定这些规定时，也必须遵循相关的法律法规，尊重学生的合法权益。例如，不能无故剥夺学生的自由出入权，除非这种权利的行使会严重影响到学校的正常教学秩序或学生的安全。

从您提供的参考信息来看，始兴县教育局曾发布通知，明确指出学校不得不顾寄宿生家远等实际情况，规定双休日不准住宿、周日不准到校的做法。这实际上是对学校管理权限的一种限制，强调了学校在制定规定时需要考虑学生的实际情况和合法权益。

同时，吉安市第三中学的寄宿学生安全管理制度也体现了对学生自由出入权的尊重。该制度规定，寄宿生在有充足理由并填写请假条交班主任签字同意后，可以由家长接送离校。这既保障了学校的安全管理，又尊重了学生的个人自由。

综合以上分析，我们可以得出以下结论：

1. 学校有权制定管理规定，包括学生的到校、离校时间等，但这些规定必须遵循相关法律法规，尊重学生的合法权益。
2. 学校不得无故剥夺学生的自由出入权，除非这种权利的行使会严重影响到学校的正常教学秩序或学生的安全。
3. 在实际执行中，学校应充分考虑学生的实际情况和需求，制定合理、人性化的管理规定。

因此，如果学校规定住宿生周末不让离校，且没有合理的理由或未遵循相关法律法规，那么这种规定可能是不合法的。学生或家长如果对此有异议，可以向学校或相关部门提出申诉或咨询。