加班工资通常应计入经济补偿金的计算基数，但存在特殊情况。以下是对此问题的详细分析：

一、加班工资一般应计入经济补偿金计算基数

根据相关法律规定，经济补偿金的计算基数是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这里的工资范畴较为广泛，依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬都属于工资，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资等。由此可见，加班工资是劳动者劳动报酬的重要组成部分，因此在计算经济补偿金时，加班工资应当纳入计算范围。

二、特殊情况：劳动合同有明确约定且加班工资单独核算发放

虽然一般情况下加班工资应计入经济补偿金计算基数，但也存在特殊情况。如果劳动合同中对工资构成有明确约定，且加班工资有单独核算和发放记录的，在计算经济补偿金时应按照约定和实际情况准确计算。例如，若劳动合同中明确约定加班工资不计入经济补偿金计算基数，或者加班工资是按照特定方式（如项目制、提成制）单独核算并发放的，那么在计算经济补偿金时，就需要遵循这些约定和实际情况。

三、法律背景与建议

1. 法律背景：经济补偿金是用人单位在解除或终止劳动合同时，依法给予劳动者的一种经济补偿。其计算基数的确定，直接关系到劳动者的合法权益。将加班工资纳入经济补偿金计算基数，体现了法律对劳动者额外付出劳动的认可和保护。

2. 建议：

   • 劳动者：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资构成和经济补偿金的约定。如果发现合同中有不利于自己的条款，应及时与用人单位协商修改。
   • 用人单位：在计算经济补偿金时，应准确核算包含加班工资在内的各项工资收入，确保劳动者能依法获得合理的经济补偿。同时，也应在劳动合同中明确约定工资构成和经济补偿金的计算方式，以避免不必要的纠纷。

四、可能的法律后果

如果用人单位在计算经济补偿金时未将加班工资纳入计算范围，而劳动合同中又没有明确约定可以排除加班工资的，劳动者有权依法向用人单位主张权利，要求用人单位补发经济补偿金差额。如果用人单位拒绝补发，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。

综上所述，加班工资在计算经济补偿金时一般应计入计算基数，但存在特殊情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。