擅自砍伐耕地上自种的树木，在未获得许可的情况下，通常是违法的。以下是对此问题的详细法律分析：
一、法律法规的明确规定
《森林法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国森林法》第五十六条，采伐林地上的林木应当申请采伐许可证，并按照采伐许可证的规定进行采伐。这意味着，无论树木是否为自种，只要其位于林地（包括耕地中种植的林木，若被视为林地管理范畴）上，采伐前均需获得许可。
- 若未取得采伐许可证擅自采伐，将构成违法行为，可能面临行政处罚，甚至刑事责任。
《基本农田保护条例》的特别规定：
- 如果耕地属于基本农田，那么根据《基本农田保护条例》第十七条，禁止占用基本农田发展林果业。这意味着，在基本农田上种植树木本身可能就已违反了规定。
- 若擅自采伐这些违规种植的树木，不仅可能违反《森林法》，还可能因破坏基本农田而面临更严重的法律责任。
二、违法行为的法律后果
行政处罚：
- 未经许可擅自砍伐树木，可能面临林业主管部门的行政处罚，包括罚款、责令补种树木等。
- 若砍伐行为发生在基本农田上，还可能因违反《基本农田保护条例》而面临土地行政主管部门的处罚。
刑事责任：
- 若砍伐数量较大，可能构成滥伐林木罪，根据《刑法》第三百四十五条的规定，将面临有期徒刑、拘役、管制及罚金等刑罚。
- 若砍伐行为发生在国家级自然保护区内，还将从重处罚。
三、特殊情况与例外
农村居民自留地及房前屋后的林木：
- 农村居民可以砍伐各自拥有的自留地以及房前屋后的少数私有林木，但这一例外并不适用于耕地上的其他林木。
因防治林业有害生物等特殊情况：
- 在某些特殊情况下，如防治林业有害生物、森林防火等，可能允许未经许可的砍伐，但这种情况通常有严格的限制和程序要求。
四、建议与警示
- 遵守法律法规：在进行任何砍伐活动前，务必了解并遵守相关法律法规，确保活动的合法性。
- 申请采伐许可证：若需砍伐树木，应提前向林业主管部门申请采伐许可证，并按照许可证的规定进行砍伐。
- 咨询法律专业人士：对于不确定是否合法的情况，建议咨询法律专业人士，以避免不必要的法律风险。
总结来看，擅自砍伐耕地上自种的树木，在未获得许可的情况下，通常是违法的。这不仅可能违反《森林法》的相关规定，还可能因破坏基本农田而面临更严重的法律责任。因此，在进行任何砍伐活动前，请务必了解并遵守相关法律法规。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。