耕地上自然生长的树木是否违法，需根据土地类型、树木生长情况及是否经过合法审批等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、违法情况分析
永久基本农田上自然生长的树木
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》及《基本农田保护条例》，永久基本农田被严格保护，禁止占用发展林果业。若耕地上的树木是人为种植且未经批准，或者虽然是自然生长但影响了基本农田的农业用途，那么这种自然生长的状态可能因违反规定而面临法律风险。不过，单纯自然生长且未破坏耕作层的树木，实践中处罚案例较少，但若树木生长导致耕地无法正常耕种，则可能被视为违法。
- 处罚措施：若违反规定，县级以上人民政府自然资源主管部门会责令限期改正；逾期不改正的，按占用面积处耕地开垦费2倍以上5倍以下的罚款；破坏种植条件的，还可能面临更严厉的处罚，甚至刑事责任。
未经审批在一般耕地上自然生长的树木
- 法律背景：虽然目前对于在一般耕地上自然生长树木的具体处罚性规定可能尚不完善，但国家严格控制耕地转为其他农用地。若树木自然生长导致土地变更调查中耕地被转为林地，从而违反了耕地保护原则，那么这种自然生长也可能被视为违法。
- 潜在风险：未经批准在一般耕地上大规模自然生长树木，可能面临政府部门的清理或处罚，尤其是当树木生长影响了耕地的正常耕种时。
二、合法情况分析
因地制宜自然生长的树木
- 适用条件：在林地或一般耕地上，根据当地自然条件和生态环境需求，适当自然生长树木以防范风沙、保持水土等，且未破坏耕地的耕作层，也不影响粮食生产的，可能被视为合法。
- 注意事项：即使树木是自然生长的，也需要确保不违反当地的土地利用规划和耕地保护政策。
经过政府批准或符合政策规定的自然生长树木
- 合法性依据：若因农业产业结构调整、生态环境保护等特殊需要，在耕地上自然生长树木前已获得政府相关部门的批准，或符合相关政策规定（如退耕还林等），则该行为合法。
- 政策支持：在某些情况下，政府可能鼓励或支持在耕地上种植树木，以改善生态环境或实现农业可持续发展。
三、建议与指导
- 明确土地类型与用途：在决定是否允许耕地上的树木自然生长前，务必查清土地的具体类型和用途，确保符合相关法律法规和政策要求。
- 了解当地政策：不同地区对于耕地上种植树木的政策可能有所不同，因此需要了解并遵守当地的具体规定。
- 积极响应政策号召：农民应积极响应国家关于耕地保护和粮食生产的政策号召，确保耕地的农业用途不被非法改变。
举例说明：假设某块耕地被划定为永久基本农田，但上面自然生长了一些树木。如果这些树木的生长没有破坏耕作层，且不影响耕地的正常耕种，那么可能不会被视为违法。然而，如果树木生长过于茂密，导致耕地无法正常耕种，或者这些树木是人为种植且未经批准的，那么就可能面临法律风险。
综上所述，耕地上自然生长的树木是否违法需综合考虑多种因素。在实际操作中，建议直接向我咨询以获取准确的法律意见和指导。