项目部经理以公司投标名义借款是否合法，需分情况讨论，一般情况下不合法。以下从不同角度进行分析：
一、项目部及项目经理的法律地位
项目部通常是建设施工企业为特定工程项目设立的，管理项目工程及具体履行相关工程合同的临时性机构。它一般不领取营业执照，被认定为企业内设机构，不具有独立法人资格，也不能独立承担民事责任。项目经理则是代表企业法人管理项目部日常工作的负责人，其职权通常限于与工程项目相关的活动。
二、项目经理借款行为的合法性分析
无权代理：
- 项目经理只有权进行与工程项目有关的行为，无权进行与工程项目无关的个人借贷等行为。如果项目经理以公司投标名义借款，但借款并未用于项目工程，或者借款行为超出了其职权范围，那么这种借款行为可能构成无权代理。
表见代理的例外：
- 在某些情况下，如果项目经理的借款行为具有代理权的外观（如持有项目部印章），且相对人善意且无过失地相信项目经理有权代表公司借款，那么可能构成表见代理。但即便如此，也需要满足一定条件，如借款实际用于工程建设等。从您描述的情况看，若借款并未用于项目且打入个人账户，则很难构成表见代理。
借款的实际用途与账户：
- 借款是否实际用于工程建设是判断借款行为合法性的重要因素。如果借款打入了项目经理的个人账户，且没有证据表明借款实际用于项目工程，那么这种借款行为很可能被认定为项目经理的个人行为，而非公司行为。
三、法律后果与风险提示
个人还款责任：
- 如果项目经理的借款行为被认定为个人行为，那么项目经理将承担还款责任。公司作为项目部的设立者，通常不会因项目经理的个人借款行为而承担还款责任。
公司管理风险：
- 公司应加强对项目部及项目经理的管理，明确项目经理的职权范围，避免项目经理滥用职权进行个人借款等行为。同时，公司应加强对项目部印章的管理，防止印章被滥用。
相对人的注意义务：
- 相对人在与项目经理进行借款等交易时，应尽到合理的注意义务，了解项目经理的职权范围，并要求借款用于项目工程或明确借款用途。否则，相对人可能因未尽到注意义务而承担一定的风险。
四、具体建议
- 对于公司而言：应建立健全的项目部及项目经理管理制度，明确项目经理的职权范围，并加强对项目部印章的管理。同时，公司应定期对项目部及项目经理进行审计和监督，确保其行为符合公司规定和法律法规。
- 对于相对人而言：在与项目经理进行借款等交易时，应要求项目经理提供公司授权文件或相关证明，并明确借款用途。必要时，可以要求公司作为共同借款人或提供担保。
如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。